Киров охота рыбалка: ТД Экстрим Киров | Все для охоты, рыбалки, туризма в онлайн каталоге товаров.

Надеемся, наши рекомендации помогут подготовиться к рыбалке на реках и озерах Кировского края. Как говорят опытные рыболовы, из этих мест никто не возвращается без добычи.

О рыбалке на реке Вятка смотрите в следующем видео.

Россия Валовая добавленная стоимость: VR: Кировская область: Рыболовство и рыбные хозяйства | Экономические показатели

Amazon.com: Ленинградская легенда [VHS]: Кировский балет: Кино и ТВ

Фильм настаивает на конфликте интересов в английском лагере, среди которых есть дворянин сэр Эдвин Вингфилд. Он ничего не делает, кроме как ищет неприятностей с Джоном Смитом, строит заговоры всеми возможными способами. Эта аристократическая позиция подвергается критике, хотя в то время ее, должно быть, гораздо меньше высмеивали и гораздо больше боялись.В фильме непонятно, почему этот молодой дворянин входит в съемочную группу. Джон Смит намекает, что его, должно быть, запретил собственный отец, и этот Вингфилд демонстрирует неоднозначное отношение к мальчикам и подросткам. Но это только намек.

Вдоль этой линии отчетливо виден исключительно мужской контекст миссии с ситуациями, которые можно рассматривать столь же странными, как танцы и пение по ночам, чтобы провести время. Но еще раз этот уровень не развит, и это досадно, хотя этот фильм продвигает отношения между Покахонтас и Джоном Смитом намного дальше, чем брат и сестра, и все же недостаточно, чтобы произвести какое-либо потомство.Этот открытый намек в сексе лежит в основе того, что мужчины, будучи мужчинами, всегда найдут способ удовлетворить свои желания. Но для большинства из этих мужчин это определенно не рассматривается в каких-либо четких терминах.

С другой стороны, индейцы описаны более реалистично и достоверно. У них есть музыка и они поют. Они тоже танцуют. Они даже занимаются любовью, по крайней мере, Поухатан. У них есть развлечения и игры. Но у них также много политических дискуссий и конфликтов. Это нормальное человеческое общество с соперничеством всех типов, особенно между Поухатаном и его братом, между Покахонтас и ее кузиной.Это делает фильм более приемлемым, так как решения должны приниматься реалистично и с реалистичными аргументами.

Но это ведет к компромиссам, и в этом фильме есть поворот. Вместо того, чтобы отправить Джона Смита обратно в Англию, чтобы вылечить и вылечить несколько тяжелых ожогов, его отправляют обратно в Англию по собственному решению Поухатана: мы можем иметь с вами мир, англичане, но Джон Смит должен уйти.

Затем фильм начинается с Покахонтас, видящей прибывающий английский корабль, и заканчивается Покахонтас, видящей отплывающий корабль.Эллиптическая конструкция, которая делает Джона Смита второстепенным, закованным в цепи при прибытии и запрещенным при выходе.

Конечно трудности урегулирования описываются далеко не четко. Помимо какой-то лихорадки, убивающей некоторых людей, кроме индейцев, убивающих некоторых других, фильм вообще не показывает, как эти люди могли выжить. Они строят форт, имя которого не Джеймстаун, а Форт Джеймс, но они ничего не возделывают, не покупают еду у индейцев и в лучшем случае выпрашивают лекарства.Другими словами, они не могут прожить и одного месяца. С другой стороны, у индейцев на самом деле не показано, что у них есть какое-либо хозяйство, нет полей, нет индийской кукурузы, вообще никакой охоты. Еще раз, как эти люди могут выжить?

Единственный пример какой-то деятельности по выживанию намекается с обеих сторон, когда нам показывают с обеих сторон каких-то маленьких животных, вероятно птиц, которых жарят на вертеле над огнем. Но это немного кратко о жизненных потребностях.

Другими словами, это переписывание легенды сохраняет ее во многих отношениях нетронутой, и это не что иное, как легенда.Никакие реальные конкретные условия и невзгоды не показаны полно и конструктивно. Мы даже можем задаться вопросом, почему у англичан есть каноэ для подъема по реке в самом начале их присутствия. Как они научились их делать? Или выменяли их у индейцев?

На два основных вопроса нет ответа. Первый — это простая достоверность сказки, в которой исключительно мужская группа оказывается в чужой стране, и простой репродуктивный инстинкт не принимается во внимание.Второй — это средства к существованию, требующие некоторых простых повседневных действий, таких как охота, сельское хозяйство, рыбалка и прогулки вверх и вниз по рекам. И все эти действия предполагают конструктивные отношения с туземцами, обмены, какую-то коммерческую или бартерную деятельность. В фильме много говорится о подарках, но не о коммерческих обменах, и это нереально, тем более что этих людей посылает не король Англии, а какая-то частная зафрахтованная компания, имеющая одну цель: получить прибыль, а следовательно, вернуть товары, которые принесут эту прибыль.

В заключение необходимо провести реальную реконструкцию того, что происходило вокруг этой принцессы Покахонтас. Тем не менее, этот фильм хорош для нескольких реалистичных эпизодов, которые мы получаем о культуре и жизни индейцев.

Д-р Жак КУЛАРДО

Международные выставки — Спорт — Животные

(PDF) Опасно ли мясо русской дичи? Практический пример свинца и кадмия

Насколько опасна российская дичь

мясо?

Пример свинца и кадмия 503

и белохвостый олень

в Quebec Sci. Общий.

EDViron.

66.45-53.

ДаБЕКА,

р.W; MCKENaE,

A.D. & LAcRoLx,

G.M.A.

(198?):

Потребление диеты

свинца, мышьяка

и флюода

взрослыми канадцами: 24-часовая

двойная диета

исследование.

— В:

FoodAddit.

Contam.41 89 102.

Д.А.вр-Еров, И.З. (1999):

Экология

особенности бобра

в условиях

урбанизированной среды

.

к.

— Уд-

Муртия ГУ: Ижевск.

(в

рус.).

ДЕРЯБТНА, Т.Г.

(1995):

Копытные

из семейства Cervidae

в

практике

биоиндикации

загрязнения окружающей среды —

металлов,

17

— Рус-

sian J. ofEcology 2: 90 95., Т.

(1996):

кабан

(s? Ls

rc, «ol L.) bio-

индикатор загрязнения среды их обитания тяжелыми

металлами.

— Российский журнал экологии 6 :

474 475.

tlrAs. R. \ .r 1085): Leadcxposuresinlhehumanen! Iron

n, ent Диетическое и экологическое

свинец: человек

здоровье

эффекты. Эльзевьер, Нью-Йорк: 79-107.

ELK $ r, B. (1993):

Идентификация базового уровня

уровней

al1d spa-

летальных трендов хлорорганических соединений,

тяжелых металлов и

радио-

нуклидов, загрязняющих углерод ларандус).

Экологические исследования 70: 230-234.

ЭРКссон, О .; FRANK, A .; НоРДКврср, М. И ПЕТЕРССОН,

Л.Р.

(1990):

Hea $ ‘meials

оленей и

кормов для них

растений.

— Рейнджифер, специальный номер

, выпуск 3: 315-331.

FALco,

G .; Bocro, A .; LLoBEr, J.M. & DoMNco, J.L.

(2005):

Риски теплового воздействия пищевых продуктов

потребление окружающей среды

загрязнителей

элитными

спортсменами

и спортсменками.

— Продукты питания

Chem. Toxicol.43: 1713

1721.

FAOAfiHO (1990) r

Стандарты пищевых продуктов ФАО / ВОЗ

Pro-

грамм

Комитет Кодекса

по добавкам в пищу и

загрязняющим веществам. Диета

Потребление, уровни в продуктах питания

и Esti-

в сочетании Потребление кадмия, свинца и ртути CXIFAC

90/5-доп.

1.

Всемирное здравоохранение

организация Гаага.

Fox, S.M.R.

(1987):

Оценка

кадмия,

свинца и ванадия

нади

статус крупных животных по отношению

к пищевой цепи человека

.

J.Anim. Sct.65t

1144-1752

FRANK, A. (1986):

В поисках биомониторов

кадмия:

кадмия в дикой шведской фауне

во время

1973

I97b Scr.lotal Environmenr.

57: 57 65.

FRosLrE, A .; NoRxErM, G .; RAMBAEK,

I.P & SrlrNNE,

S.E.

(1984):

Уровни микроэлементов

jn печень из

Norwe-

gian

лосей, северных оленей и благородных оленей

по отношению к атмо-

сферическим отложениям Acta Vet. Сканд.

25: 333-345.

FRosLrE, A .; HAUGEN, A .; HoLr, G. & NoRHEM, G. (1986):

Уровни

кадмия в печени и почках

из

Norwe-

gian

cervides.Бюллетень окружающей среды

Contamina-

и токсикология 37: 453-460.

FrMRElrE, N .; BaRrH, E.K. & MuNKEToRD,

A. (1990):

Cad-

Уровни мия и селена в тетраонидах из выбранных

районов Норвегии.

— Фауна

Norv. 13: 79-84.

GAMBERo, M. & SCHEUHAMMER,

A.M.

(1994):

Кадмий в

карибу и овцебык

из канадских

Юкон и

Нет западных территорий.

— Наука об окружающей среде

ronment 143. 221-234.

HrLLrs, T.H. И ПАРКЕР, Г.

(1993):

Возраст и

Ближайшие

до

местные горно-металлургические заводы в качестве детерминантов ткани

Уровни металлов

в бобрах

(Castor

canadensis16 917 из 910 Sudtheburyadо

917

area Environmenlal Poilurion

80: 67 72.

HoDRETARV, H.& Or_r, R. (1983):

При обнаружении

тяжелых металлов и лосей (l / cer dlc € r). H € avy

Metals En-

vironment Int. Conf.,

Heilderberg, Sept. Edinburgh. 1:

533-s36.

ИВАНТЕР, Е.В., МЕДВЕДЕВ, Н.В. (2007):

Экология токсико-

природных популяций птиц

и млекопитающих

север. Лесной

Карельского

СК РАС.GEN, S.

(1995):

Met-

als

и селен

in \ arld fiimals [rom

\ orwegian

ar.

eas закрыть

российским

никелевым заводам. Экологический

Мониторинг и

Assessmer.t, 36t 251 270.

KAIAS, J.A .; SrErNNEs,

E. & LTERIACEN, S.

(2000):

Свинец

Облучение мелких травоядных позвоночных

из ат-

моосферы

загрязнения.

— Загрязнение окружающей среды, 107:

2t: 29.

КолпасЧчрКов, Л.А. (2000):

Экологические характеристики

и

прогнозы

для устойчивого использования

таймырской популяции

оленей

.

— EBBNGE, B.S. et

ai. (Ред.)

Наследие

российской Арктики.

Исследования, сохранение

и

международное сотрудничество.

— Экопрос,

, Москва:

520 с30.

КОВАЛСКРЫЙ, ВВ (1974):

Геохимическая экология: схемы,

Наука, Москва, 229

с.

(в

рус.).

КузуБовА, Л.И .; ШУВАЙЕВА, О.В., АНОСД.р, Г.Н.

(2000):

Элементилоксиканры в пищевых продуктах.

Анал-

итический обзор Библиотека СО РАН, Новосибирский

67

с.(в

рус.).

ЛНДНЕР, Дж. (1989):

Untersuchungen

iiber endogen Ein-

fliisse auf die Cadmium-, Blei-,

Quecksilber-,

Kupfer- 910 und Zinkonvünd Zinkongehal ld-

hasen.

— доктор философии,

Гиссен

18: 358.

LLoBEr, J.M .;

FALco,

G .; CAsAs, C. et al. (2003):

Con

центнеров мышьяка, кадмия, ртути и свинца в

обычных продуктах питания и расчетное дневное потребление детьми,

подростками,

подростками и пожилыми людьми в Каталонии, Испания.

— J. Agric. Food Chem.

51: 838 842.

Lurz, W. (1985):

Ergebnisse der Untersuchungen von

Rehen

(Capreolus

capreolus) rnd Hasen

(910

)

Kohlenwas-

se.stoffe in Nordrhein-Westfalen

— Z. Jagdwiss.3l

(3):

r53 175.

\ 4al-Kov, MG; СрДоРов, Г.DRADo, C .; LAMAND,

M. & Tkrssol,

J.C.

(1995):

Достаточность потребления основных минералов в

полях Испании, оцененная прямым анализом

и базой данных

.

— Нутр. Res. 13: 851-861.

NASRIDDTNE, L. & PaREu-Messx,

D. (2002):

Пищевые продукты

утилизация металлов и

пестицидов

в Европейском союзе

.Стоит ли волноваться?

-Токсикол. Lett. 127: 29-41.

NoLEr, B.A .; ДхКсрРА, В.А. & HE, DECKE,

D. (1994):

Кадмий в бобрах переместился из реки Эльбы

в Рейн, устье реки Маас и с возможным воздействием

на популяцию

долларов за счет собственной скорости. Arch. Environ. Contam. Toxi-

col.27t 154-161.

Покаржевский А.Д. (1985):

Геохимический

экология

из

горных животных.

— Наука, Москва. 300

стр. (в

рус.).

РНТАЛА,

р .; ВТНАЛАТНЬЕН Э.-Р. & HrRvr T. (1995)

Hearry

млн евро

в мышцах, печени и почках из

финских

поводков

Реки и озера Кировской области

Озера Кировской области весьма разнообразны по форме и размеру. У них богатая ихтиофауна, которая является приманкой для любителей рыбной ловли. Об озерах Кировской области, их истории, особенностях и связанных с ними интересных фактах рассказывается в этой статье.

Лежнинское озеро

Лежнинское (также Лежнино) — самое глубокое озеро Кировской области. Площадь его поверхности невелика, она составляет около 0,04 км ² . Пруд — почти идеальная воронка, как кальдера вулкана. Средняя глубина озера составляет 15 м, однако начиная с этой точки она резко увеличивается, достигая отметки почти 37 м.

Интересный факт, Лежнинское озеро — не обычный водоем, а гидрологический памятник природы.Предположительно, озеро имеет такое происхождение, как карстово-суффозионное происхождение. Он образовался после обрушения свода подземной пещеры огромных размеров. Также есть версия, что он образовался в результате удара упавшего метеорита.

Вода на мелководье в озере Лежнинское в Кировской области имеет зеленовато-бирюзовый цвет и достаточно прозрачна, что привлекает сюда любителей дайвинга. Лещ, окунь, щука и плотва в озере круглый год привлекают сюда рыбаков.Также в водоеме водятся раки, в связи с этим можно встретить тех, кто на них охотится. В теплое время года на озере много отдыхающих, есть дикие пляжи. Приятная прохлада водоема отлично освежает в сильную жару.

Орловское озеро

Озеро Орел в Кировской области находится в Кирово-Чепецком районе. Площадь его поверхности также очень мала и составляет 0,63 км ² . Оно, как и озеро Лежнинское, является гидрологическим памятником природы регионального значения.

Этот водоем имеет овальную форму, достигает 550 м в длину и 350 м в ширину. Озеро находится на высоте 150 м над уровнем моря. Особенность водоема в том, что на нем есть несколько небольших островов. На месте озера, лежащего на северо-западе, есть пляж, который в летнее время полностью занят отдыхающими.

Дно озера илистое, но вода прозрачная до глубины около полутора метров. В пруду водятся окунь, щука, карп, сом, плотва.Любители рыбной ловли приезжают на озеро круглый год за трофеями.

Озеро Шайтан

Описание озер Кировской области будет неполным, не говоря уже об озере Шайтан. Он расположен в Уржумском районе, в его южной части. Как и два предыдущих водоема, это озеро относится как к природным гидрологическим, так и к геологическим памятникам природы.

Его площадь составляет около 2 га, глубина достигает 12 м, однако, по некоторым данным, встречаются глубины до 25 м.Шайтан имеет правильную форму и размеры эллипса — 180 м в ширину и 240 в длину. Стоит отметить, что это водохранилище является частью заповедника «Бушковский лес».

Озеро карстовое, с сифонной циркуляцией. В водоеме есть карстовые полости и трещины, заполненные водой. Через вертикальные колодцы впадины (пещеры) и большие трещины сообщаются друг с другом. В озере, в глубине, напорные артезианские воды.

Озеро получило название «Шайтан» из-за того, что местами хлынула вода.Это связано с артезианскими водами, которые периодически выталкивают оседающий ил, а также торф в вертикальные подводные скважины. Выбросы воды происходят после проливных дождей и весной после таяния снега.

Также на этом водоеме есть так называемые плавучие острова. На самом деле острова, расположенные на озере, находятся в одном месте. Их покрывают слоем воды во время паводков или весной, когда тает снег и поднимается уровень воды.

Реки и озера Кировской области

Озера Кировской области весьма разнообразны по форме и размеру.У них богатая ихтиофауна, что является приманкой для любителей рыбной ловли. Об озерах Кировской области, их истории, особенностях и связанных с ними интересных фактах рассказывается в этой статье.

Лежнинское озеро

Лежнинское (также Лежнино) — самое глубокое озеро Кировской области. Площадь его поверхности невелика, она составляет около 0,04 км ² . Водохранилище представляет собой почти идеальную воронку, похожую на кальдеру вулкана. Средняя глубина озера составляет 15 м, однако, начиная с этого уровня, она резко увеличивается, достигая отметки почти 37 м.

Интересный факт, Лежнинское озеро — не обыкновенный водоем, а гидрологический памятник природы. Предположительно, озеро имеет видовое происхождение, например карстово-суффозионное. Он образовался после обрушения свода подземной пещеры огромных размеров. Также есть версия, что он образовался в результате падения упавшего метеорита.

Вода на мелководье Лежнинского озера в Кировской области имеет зеленовато-бирюзовый цвет и довольно прозрачна, что привлекает сюда любителей дайвинга.Круглогодично обитающие в озере лещ, окунь, щука и плотва привлекают сюда рыбаков. Также в пруду водятся раки, в связи с чем можно встретить тех, кто на них охотится. В теплое время года на озере много туристов, есть дикие пляжи. Приятная прохлада водоема отлично освежает в сильную жару.

Орловское озеро

Орел Озеро в Кировской области находится в Кирово-Чепецком районе. Площадь его поверхности также довольно мала и составляет 0.63 км ² . Оно, как и озеро Лежнинское, является гидрологическим памятником природы регионального значения.

Этот резервуар имеет форму овала, достигая длины 550 м и ширины 350 м. Озеро находится на высоте 150 м над уровнем моря. Особенность водоема в том, что на нем есть несколько небольших островов. На озере, лежащем на северо-западе, есть пляж, который летом полностью занят отдыхающими.

Дно озера илистое, но при этом вода прозрачная до глубины около полутора метров.В пруду водятся окунь, щука, карп, сом и плотва. Любители рыбной ловли круглый год приезжают на озеро за трофеями.

Озеро Шайтан

Описание озер Кировской области будет неполным, не говоря уже об озере Шайтан. Он расположен в Уржумском районе, в его южной части. Как и два предыдущих водоема, это озеро относится к природным гидрологическим, а также геологическим памятникам природы.

Его площадь около 2 га, глубина достигает 12 м, однако, по некоторым данным, есть глубины до 25 м.Шайтан имеет правильную форму и размеры эллипса — 180 м в ширину и 240 м в длину. Стоит отметить, что это водохранилище является частью заповедника «Бушковский лес».

Озеро карстовое, с сифонной циркуляцией. В водоеме есть карстовые полости и трещины, заполненные водой. Через колодцы, имеющие вертикальную форму, полости (пещеры) и большие трещины сообщаются друг с другом. В озере на глубине напорная артезианская вода.

Озеро получило название «Шайтан» из-за того, что местами бьёт вода.Это связано с артезианскими водами, которые периодически выталкивают осадочные илы, а также торф в вертикальные подводные скважины. Выбросы воды происходят после проливных дождей и весной, после таяния снега.

Также на этом водоеме есть так называемые плавучие острова. На самом деле острова, расположенные на озере, находятся там же. Их покрывают слоем воды во время паводков или весной, когда тает снег и поднимается уровень воды.

Река Большая Кокшага

Описывая реки и озера Кировской области, нельзя не сказать о реке Большая Кокшага.Эта река протекает по территории таких районов, как Кировская область и Марий Эл. Его длина 294 км. Что касается площади его бассейна, то она составляет 6330 км ² . Большой Кокшаг протекает по хвойным и смешанным лесам, местами встречаются заболоченные места.

Густера водится в реке, там еще можно ловить плотву, леща, щуку и окуня, что привлекает к пруду многих неравнодушных к рыбной ловле круглый год. Кроме того, благодаря особенностям ландшафта, по этой реке предпочитают кататься на веслах ценители экстремального отдыха.

В теплое время года на реке много отдыхающих, которые купаются в чистой речной воде. Вдоль реки оборудованы и дикие пляжи. Пляжи, оборудованные для отдыха, предлагают широкий спектр услуг для активного отдыха. Возможна аренда катамаранов и скутеров, также можно совершить морскую прогулку и полюбоваться красивыми пейзажами этих мест.

В Кировской области большое количество водоемов, поэтому рассказать о них в одной статье невозможно. Однако можно утверждать, что у многих есть возможность найти вполне подходящие места для отдыха на озерах и реках Кировской области.

Пилотный спутниковый анализ модельного растения Physcomitrellapatens выявил транскрибируемый тандемный повтор, связанный с IGS с высоким содержанием копий.

Comp Cytogenet. 2018; 12 (4): 493–513.

Илья Киров

¹ Лаборатория функциональной геномики и протеомики растений, Институт биоорганической химии им. Шемякина и Овчинникова, Москва, Российская Федерация, Институт биоорганической химии им. Шемякина и Овчинникова, Москва, Россия,

Марина Гилёк

¹ Лаборатория функциональной геномики и протеомики растений, Институт биоорганической химии им. Шемякина и Овчинникова, Москва, Российская Федерация, Институт биоорганической химии им. Шемякина и Овчинникова, Москва, Россия,

Андрей Князев

¹ Лаборатория функциональной геномики и протеомики растений, Институт биоорганической химии им. Шемякина и Овчинникова, Москва, Российская Федерация, Институт биоорганической химии им. Шемякина и Овчинникова, Москва, Россия,

Игорь Фесенко

¹ Лаборатория функциональной геномики и протеомики растений, Институт биоорганической химии им. Шемякина и Овчинникова, Москва, Российская Федерация, Институт биоорганической химии им. Шемякина и Овчинникова, Москва, Россия,

¹ Лаборатория функциональной геномики и протеомики растений, Институт биоорганической химии им. Шемякина и Овчинникова, Москва, Российская Федерация, Институт биоорганической химии им. Шемякина и Овчинникова, Москва, Россия,

Научный редактор Карлов Г.Г.

Поступила 02.11.2018; Принято 27 ноября 2018 г.

Это статья в открытом доступе, распространяемая в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution License (CC BY 4.0), которая разрешает неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе при условии указания автора и источника.

Abstract

Спутниковая ДНК (сатДНК) составляет значительную часть геномов эукариот.В последнее десятилетие было показано, что сатДНК не является инертной частью генома и ее функция распространяется за пределы ядерной мембраны. Однако количество модельных видов растений, пригодных для изучения новых горизонтов функциональности сатДНК, невелико. Здесь мы исследовали спутник модельного «базального» растения, Physcomitrella patens (Hedwig, 1801) Bruch & Schimper, 1849 (мох), который имеет ряд преимуществ для глубоких функциональных и эволюционных исследований. .Используя недавно разработанный конвейер pyTanFinder (https://github.com/Kirovez/pyTanFinder) в сочетании с флуоресценцией in situ гибридизацией (FISH), мы идентифицировали пять тандемных повторов (TR) с большим числом копий, занимающих длинный массив ДНК во мхе. геном. Исследование ядерной организации показало, что два TR имеют разные местоположения в геноме мха, концентрируясь в гетерохроматине и knob-rDNA, подобных хроматиновым тельцам. Дальнейший геномный, эпигенетический и транскриптомный анализ показал, что один TR, названный PpNATR76, расположен в области межгенного спейсера (IGS) и транскрибируется в длинные некодирующие РНК (lncRNA).Некоторые особенности днРНК PpNATR76 делают их очень похожими на недавно обнаруженные днРНК человека, что вызывает ряд вопросов для будущих исследований. Эта работа предоставляет новые ресурсы для функциональных исследований сателлитома у растений с использованием модельного организма P. patens и описывает список тандемных повторов для дальнейшего анализа.

Ключевые слова: Физкомитрелла патентов , мохообразные , сателлитная ДНК, хромосомы, флуоресценция in situ гибридизация, длинные некодирующие РНК, рДНК

Введение

Значительная часть геномов эукариот состоит из различных семейств повторяющихся элементов (RE).Некоторые RE представляют собой древние вирусы (например, мобильные элементы), тогда как другие представляют собой de novo сгенерированные последовательности без определенной структуры. Последние включают сателлиты или тандемные повторы (TR), диспергированные повторы и другие группы повторов. TR являются основными компонентами гетерохроматина, центромер и теломер (Henikoff et al. 2001, Plohl et al. 2008). TR важны для стабильности и целостности генома и играют решающую роль в функции центромеры, сегрегации мейотических хромосом, регуляции генов, распознавании и видообразовании Х-хромосомы (Dernburg et al.1996 г., Ферри и Барбаш 2009 г., Джаганнатан и др. 2017, Menon et al. 2014, Тальберт и Хеникофф 2018). Геномная организация, распределение хромосом и последовательность TR могут значительно различаться между близкородственными видами и даже между хромосомами одного организма (Almeida et al., 2012; Jagannathan et al., 2017, Jo et al., 2009, Kirov et al., 2017, Lim и др. 2004 г., Лоуэр и др. 2018 г., Мэй и др. 2005 г., Плохл и др. 2008 г., Робледилло и др. 2018 г., Руис-Руано и др. 2016 г.). Поскольку TR могут вводить в заблуждение машину рекомбинации, они также могут играть негативную роль и быть причиной перестройки генома (Ma and Bennetzen 2006).Удивительно, но недавнее исследование продемонстрировало, что TR не являются инертной частью генома, некоторые TR, в том числе те, которые имеют межгенный спейсер (IGS), происхождение теломер и центромер, экспрессируются в клетке (Chen et al. 2008, May et al. al.2005, Perea-Resa and Blower 2017, Yap et al.2018, Zhao et al.2018). Хотя функции так называемых сатРНК загадочны, появляется все больше свидетельств того, что некоторые из них могут взаимодействовать с различными белками и играть ядерные архитектурные роли (Chujo et al.2017, Staněk and Fox 2017, Sun et al. 2017, Яп и др. 2018).

Быстрая эволюция и высокая внутримономерная идентичность TR значительно затрудняют их изучение на уровне генома. TR часто сворачиваются или помещаются в несобранную часть генома (например, Chr0, (Saint-Oyant et al.2018)), что значительно сокращает объем информации, доступной для изучения организации TR. Долговременное секвенирование, оптическое картирование и другие современные методы могут помочь преодолеть эти препятствия (Jain et al.2018, Хост и др. 2017 г., Lower et al. 2018, Weissensteiner et al. 2017). Высокопроизводительные методы, в том числе методы, используемые для идентификации TR на основе необработанных данных NGS, позволили исследователям получить более глубокое представление об эволюции и численности TR (Lower et al., 2018, Novák et al., 2017). Кроме того, информация о физическом расположении TR полезна для понимания эволюции и функции TR, а также для улучшения сборки генома (Saint-Oyant et al. 2018). Молекулярные цитогенетические методы, такие как флуоресценция in situ гибридизация (FISH) или PRINS, применялись для изучения геномной организации TR на хромосомном уровне (Cuadrado and Jouve 2010, Gosden et al.1991, Цзян и Гилл 2006, Киров и др. 2017, Павия и др. 2014 г., Розато и др. 2016 г., Sone et al. 1999, Сяо и др. 2017). Уникальная природа TR позволяет им быстро локализоваться на хромосомах за счет неденатурирующей FISH (ND-FISH, (Cuadrado and Jouve 2010, Jiang and Gill 2006, Kirov et al.2017, Pavia et al.2014, Xiao et al.2017) )). Хотя это важный инструмент для изучения геномной организации TR, применение молекулярных цитогенетических методов является сложной задачей, и для некоторых видов необходимы дальнейшие улучшения подготовки хромосом и протоколов FISH (Kirov et al.2016, Розато и др. 2016).

Последние открытия, включая специфическую транскрипцию некоторых TR в виде сатРНК и днРНК, которые играют важную роль в регуляторных процессах, переместили биологию сателлитной ДНК от структурной геномики к функциональной геномике. Аннотации сателлитной ДНК проводились для длинного списка видов растений, но есть только несколько модельных растений, которые подходят для глубоких функциональных исследований TR. Кроме того, в этом списке нет модельных базальных растений, хотя они могли бы облегчить изучение механизмов эволюции TR в долгосрочной перспективе.Здесь мы провели пилотный спутниковый анализ модельного базального растения, мха Physcomitrella patens (Hedwig, 1801) Bruch & Schimper, 1849. Это широко используемое модельное растение для молекулярной биологии и биологии развития. исследования эволюции и биохимии (van Gessel et al.2017). «Базальное» положение мхов в филогении наземных растений делает это растение уникальным, преодолевая разрыв между зелеными водорослями и цветущими растениями (van Gessel et al., 2017).Сборка мха на хромосомном уровне была недавно проведена, и доступны различные наборы транскриптомных, эпигенетических и протеомных данных, а также инструменты (Amagai et al.2018, Fesenko et al.2017, Fesenko et al.2016, Fesenko et al.2015, Lang и др., 2005 г., Ланг и др., 2018 г., Ортис-Рамирес и др., 2016 г., Кватрано и др., 2007 г., Ренсинг и др., 2008 г., ван Гессель и др., 2017 г.). Используя недавно разработанный конвейер pyTnaFinder (https://github.com/Kirovez/pyTanFinder), мы идентифицировали пять TR, которые показывают заметные сигналы FISH в ядре и хромосомах (для двух TR).Ядерная организация выявила два TR с разными местоположениями, в гетерохроматине и перинуклеолярных тельцах. Один TR, названный PpNATR76, был локализован в IGS генов 45S рРНК. Используя транскриптомные и геномные данные, мы обнаружили, что PpNATR76 транскрибируется в днРНК с неизвестными функциями. Сравнение различных особенностей организации и транскрипции PpNATR76 и сходства с недавно обнаруженными IGS-связанными lncRNAs у людей предполагает, что транскрипция функционально важного сателлита, содержащего lncRNAs из области IGS, является консервативным принципом между растениями и людьми.

Материалы и методы

Разработка pyTanFinder

pyTanFinder был написан на python v3.6 с использованием библиотек biopython (Cock et al. 2009) и networkx (Hagberg et al. 2008). Инструмент Tandem Repeat Finder (Benson, 1999) был запущен на начальном этапе конвейера, после чего был проведен поиск сходства между различными мономерами с помощью BLASTN (Altschul et al. 1997). Используя данные поиска по сходству, графы были построены библиотекой networkx (Хагберг и др., 2008), и для каждого графа была выбрана последовательность с максимальным количеством ребер (совпадений).Затем описывается наиболее репрезентативная мономерная последовательность в соответствии с ее различными характеристиками, включая накопление изобилия (сумма количества копий каждого мономера из графиков, умноженная на длину мономера), длину мономера и количество соединений в кластере с использованием matplotlib (Hunter and Engineering). 2007) библиотека. Гистограммы генерируются и представляются в виде html-документа. pyTanFinder находится под лицензией MIT и доступен в репозитории GitHub (https://github.com/Kirovez/pyTanFinder).

Подготовка слайдов

Для подготовки хромосом и ядер штамм Gransden P. patens выращивали в среде Кнопа с тартратом аммония 500 мг / л с 1,5% агаром (Геликон, Москва, Российская Федерация). ) в инкубаторе для выращивания растений Sanyo MLR-352H (Panasonic, Осака, Япония) с 16-часовым фотопериодом при 24 ° C и 61 мкмоль / м ² с. Для анализа использовали гаметофоры на разных стадиях (зеленый — светло-зеленый цвет спорофитов).Подготовка хромосом проводилась по протоколу «SteamDrop» (Киров и др., 2014) с модификациями, описанными ранее (Киров и др., 2015). Вкратце, молодые спорофиты собирали и фиксировали в растворе Карнуа (3: 1, этанол / уксусная кислота) в течение 3 часов при комнатной температуре и хранили при -200 ° C в 70% этаноле. Фиксированный материал дважды промывали дистиллированной водой в течение 30 мин и 100 мМ лимонным буфером (pH 4,8). Затем спорофиты переносили в смесь ферментов и инкубировали 3 ч при 37 ° C.Смесь 0,6% ферментов, содержащая пектолиазу Y-23 (Kikkoman, Токио, Япония), целлюлазу Onozuka R-10 (Yakult Co. Ltd., Токио, Япония) и цитогеликазу (Sigma-Aldish Co.LLC, Франция), была приготовлена ​​в 0,1 М лимонный буфер (ph5,8). Слайды были приготовлены с использованием смеси 1: 1 (этанол / уксусная кислота) в качестве первой капли и 100% уксусной кислоты в качестве второй капли. Затем предметные стекла дополнительно инкубировали 15–30 с в капле 60% уксусной кислоты при 42 ° С. Одно предметное стекло на суспензию клеток проверяли окрашиванием DAPI (100 мкг / мл, 4’6-диамидино-2-фенилиндол) и помещали в Vectashield (Vector Laboratories, Burlingame, CA).

NGS-секвенирование генома мха

Выделенную ДНК использовали при NGS-секвенировании. Библиотеку секвенирования получали с помощью набора NEBNext ultra DNA Library Prep Kit для Illumina (New England Biolabs, UK). После подготовки образцов библиотеки были проанализированы с использованием Qubit (Invitrogen) и 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies). Амплификацию образцов проводили согласно протоколу (Illumina) с использованием MiSeq. Необработанные файлы FastQ Illumina были демультиплексированы, отфильтрованы по качеству и проанализированы с помощью FastQC (Schmieder and Edwards 2011).Инструмент RepeatExplorer (Новак и др., 2013) был запущен с настройками по умолчанию, принимая 500000 случайно выбранных односторонних чтений (> 100 п.н.) в качестве входных данных.

Флуоресцентная гибридизация in situ (FISH) и микроскопия

FISH выполняли, как описано ранее (Киров и др., 2017), с использованием TAMRA-меченых олигозондов, синтезированных компанией Evrogen (таблица).

Таблица 1.

Oligo-зонды на TR, используемые в экспериментах FISH.

Таблица 2.

Праймеры, используемые для qRT-PCR-амплификации транскриптов PpNATR76.

Результаты

Поиск тандемных повторов в

Чтобы найти TR в геноме P. patens , мы использовали инструмент Tandem Repeat Finder (TRF, (Benson 1999)). Однако TRF обеспечивает все TR, обнаруженные в геноме; информация о количестве копий отдельных мономеров TR недоступна. Более того, выходной сигнал TRF является избыточным, и его трудно обрабатывать вручную, чтобы найти TR с большим количеством копий, которые имеют определенную длину мономера и количество копий.Чтобы преодолеть эти препятствия, мы разработали конвейер Python, который мы назвали pyTanFinder (https://github.com/Kirovez/pyTanFinder). Это удобный инструмент командной строки для запуска TRF и анализа результатов с последующей кластеризацией похожих тандемных повторов. Результатом этой программы является файл FASTA всех тандемных повторов и таблица, содержащая уникальные последовательности TR с предполагаемым содержанием в геноме. Кроме того, pyTanFinder также генерирует отчет в формате html, содержащий гистограммы распределения размера TR-мономера и количества соединений каждого мономера в индивидуальный кластер.Мы применили конвейер pyTanFinder к последовательности генома P. patens (v3.3). Мы идентифицировали 1518 TR с минимальной длиной генома, занимающей 1000 п.н. Поскольку TR могут коллапсировать во время сборки последовательности генома, мы выполнили секвенирование ДНК Illumina с низким охватом с последующей аннотацией de novo TR в данных секвенирования следующего поколения с использованием инструмента RepeatExplorer (Novak et al. 2013). Кластеризация геномных считываний не выявила никаких кластеров с кольцевой или шарообразной формой, которые оба соответствовали высококопийным TR.Затем мы сравнили последовательности ДНК, созданные конвейером pyTanFinder и RepeatExplorer, чтобы найти TR с большим количеством копий в обоих наборах данных. 19 TR, которые были обнаружены в обоих наборах данных, были использованы для дальнейшего анализа (таблица).

Таблица 3.

Общая информация об идентифицированных тандемных повторах, используемых для анализа FISH.

Длина мономера TR составляла от 27 до 217 п.н. (рис.), а содержание ГЦ варьировалось от 20 до 70% (рис.).

Особенности 19 ТР. A Распределение длины мономера B Распределение содержания GC C Электрофорез продуктов ПЦР из 5 TR.

Согласно результатам pyTanFinder, 7 (37%) TR имеют высокое (> 18000 п.н., hcTRs) и 12 (63%) TR имеют низкую (<15000 п.н., lcTRs) общую численность. Нам удалось сконструировать праймеры для 5 hcTR и получить лестничные или мазковые продукты ПЦР (рис.), Которые являются известными характерными особенностями TR (Kirov et al.2017). Только 8 из 19 идентифицированных TR (trTR) были подобны контигам RepeatExplorer из верхних 200 кластеров, тогда как другие TR были подобны кластерам с низким содержанием повторов. Интересно, что данные об общей численности pyTanFinder не коррелировали с данными о доле генома RepeatExplorer, так как только 2 trTR были в наборе hcTR (таблица). Таким образом, на основе двух подходов (pyTanFinder и RepeatExplorer) мы смогли идентифицировать два набора TR в геноме мха, которые имеют высокое и низкое количество копий.

FISH локализация тандемных повторов в

Мы использовали FISH, чтобы определить, занимают ли идентифицированные TR большие кластеры в геноме мха. Молекулярно-цитогенетический подход к визуализации локусов последовательностей ДНК на хромосомах и ядрах является сложной задачей для бриофитов (Rosato et al., 2016). Для проведения пилотного эксперимента FISH мы оптимизировали протокол «SteamDrop» (Киров и др., 2014) для подготовки хромосомы мха.Использовались различные типы материала, включая протопласт, протонемы и незрелый спорофит. При использовании протопластов метафазные хромосомы не наблюдались. Препарат хромосом из протонем и незрелых тканей спорофитов привел к очень низкому количеству клеток на стадии метафазы. Даже предварительная обработка ткани протонемы различными цитостатическими химическими веществами (колхицин (инкубация в течение 3–4 часов в 0,05–0,3%), 1-бромнафталин (инкубация в течение ночи в насыщенном растворе) и амипрофос-метил (инкубация в течение 3–4 часов в растворе 5 мкМ) )) не улучшили результаты.На рис.

Митотические и мейотические хромосомы P. patens после окрашивания DAPI. Анафазная ( A ), 1n (( B ) протонема, n = 27) и 2n (( D ) спорофит, 2n = 54) метафазы и пахитены ( C ) стадии. Шкала шкалы: 5 мкм.

Мы сконструировали 19 олигонуклеотидных зондов TAMRA для проведения анализа ядер-FISH. Чтобы подтвердить, что полученные слайды подходят для экспериментов FISH, мы использовали известные тандемно организованные последовательности, теломерный повтор типа Arabidopsis ((TTTAGGG) n) и 45S рДНК в качестве положительного контроля. Эксперименты FISH выявили много точечных (рис.) И несколько отдельных (рис.) Сигналов для зондов теломер и 45S рДНК, соответственно, что позволяет предположить, что слайды подходят для анализа FISH во мхе.Затем мы выполнили ядерные FISH эксперименты для 19 ТУ мха. Эти эксперименты выявили 5 TR, для которых FISH-сигналы обнаруживались на ядрах (рис.).

Результаты FISH с мечеными зондами, сконструированными на теломерных повторах Arabidopsis -типа ( A ), 45S рДНК ( B ) и 5 ​​идентифицированных TR: Pp602_86 ( C ), Pp21_215 () , Pp20_76 ( E ), Pp19_95 ( F ) и Pp592_108 ( G ).

Три повтора (Pp602_86, Pp21_215, Pp592_108) давали несколько сигналов, которые занимали две разные территории в ядре.Сигналы FISH от одного TR, Pp19_95 (размер мономера 95 п.н.), были связаны с гетерохроматиновыми участками ядра (рис.), Обнаруженными с помощью DAPI. Сигналы FISH от другого TR, Pp20_76, были локализованы в одной ядерной области, которая была в непосредственной близости от ядрышка (перинуклеолярная область), которую можно хорошо различить при окрашивании DAPI (рис.). В отличие от Pp19_95 TR профиль DAPI из локусов гибридизации Pp20_76 не обнаруживает каких-либо явных отличий от соседних ядерных областей. Более пристальный взгляд на сигналы FISH показывает, что локусы Pp20_76 организованы в виде каплевидной структуры (рис.).

Ядерная организация ТР Pp19_95 ( A, C ) и Pp20_76 ( B, D ). A и B серии изображений демонстрируют флуоресценцию на каналах DAPI и TAMRA и объединенные изображения C RGB-профиль ядра; синяя и красная линии показывают интенсивность пикселей для двух сигналов Pp19_95 FISH и окрашивания DAPI, соответственно. D Цифровое увеличение части ядра с помощью красных сигналов FISH Pp20_76. nc отмечает ядрышко. Шкала шкалы: 5 мкм.

Таким образом, FISH-анализ ядер 19 TR, идентифицированных с помощью конвейера pyTanFinder, показал 5 TR с ярко выраженными сигналами. Более того, один (Pp19_95) из повторов был связан со структурами гетерохроматина, а другой (Pp20_76) — с перинуклеолярными тельцами. 5 TR были использованы для дальнейшего анализа.

Расположение TR в геноме мха

Чтобы интегрировать наши данные с последовательностью генома P. patens , мы сопоставили 5 TR с собранной P. Patens последовательность генома и оценили геномное распределение TR. До 45% (для Pp19_95) совпадений BLAST принадлежало последовательностям, которые не были включены в какие-либо собранные хромосомы (каркасы), что указывает на проблему в сборке геномных областей, несущих TR (рис.). Все совпадения BLAST были распределены по 12 хромосомам P. patens . TR Pp602_86, Pp21_215, Pp20_76, Pp19_95 и Pp592_108 имели 1, 5, 8, 2 и 1 локусы в собранном геноме, соответственно.Большинство идентифицированных локусов содержали только несколько мономеров; каждый из повторов обладал одним локусом с большим (до 700) количеством тандемно организованных повторов, включая Pp21_215 (Chr21), Pp602_86 (Chr02), Pp592_108 (Chr01), Pp19_95 (Chr19) и Pp20_76 (Chr20). Два TR, Pp21_215 и Pp20_76, имели смещение в сторону дистальных частей хромосом, при этом 60% (3) и 34% (3) локусов располагались на концах собранных хромосом, соответственно (рис.). Сравнение предполагаемой центромеры (ретротранспозон RLC5, Lang et al.2018) и местоположения TR выявили совместную локализацию 2 локусов Pp21_215 (25%) на Chr10 и Chr20 с участками, обогащенными RLC5, что указывает на возможную перицентромерную локализацию этого TR.

Хромосомное расположение 5 TR. Гистограмма , показывающая количество совпадений BLAST, полученных из каркасов и последовательностей хромосом. B График Circos: внутренний слой соответствует столбчатой ​​диаграмме, показывающей количество совпадений BLAST TR на хромосомах; FISH-локализация Pp20_76 ( C ) и Pp602_86 ( D ).Шкала шкалы: 5 мкм.

Для дальнейшей проверки результатов ядер-FISH и биоинформатического картирования мы выполнили FISH на хромосомах мха с использованием двух зондов, Pp602_86 (один локус) и Pp20_76 (несколько локусов). Хотя протокол подготовки хромосом нуждается в дальнейшем улучшении для P. Patens , мы смогли идентифицировать сигналы FISH от Pp20_76, расположенного на концах двух пар хромосом, и от Pp602_86, расположенного в проксимальном отделе. положения одной пары хромосом (рис.). Результаты FISH для Pp60_86 хорошо коррелировали с биоинформатическим анализом, который также показал единственный локус на хромосоме 2. Напротив, Pp20_76 имеет несколько локусов в сборке генома мха; два локуса были обнаружены FISH. Одним из объяснений этого несоответствия в биоинформатике и экспериментах in situ и может быть ограничение чувствительности метода FISH. Чувствительность FISH не позволяет физически картировать последовательности ДНК, если они занимают на хромосомах менее 3–10 килобайт (Valárik et al.2004, Хрусталева, Кик 2001). Поэтому только самый длинный массив Pp20_76, расположенный на Chr20, потенциально может быть визуализирован этим методом. Кроме того, наблюдаемые нами сигналы FISH были расположены на концах хромосом, что также согласуется с биоинформатическим поиском. В то же время второй сигнал FISH может происходить из локуса Pp20_76, который, вероятно, не был хорошо собран. Таким образом, результаты геномного картирования вместе с результатами FISH предоставили доказательства того, что обнаруженные TR занимали длинные кластеры в геноме мха и позволяли дальнейшую интеграцию местоположения TR с данными геномного контекста, доступными для P. патентов (Ланг и др., 2018).

Pp20_76 расположен в активно транскрибируемом хроматине

Из-за особого расположения Pp20_76 в ядре (около ядрышка) и обнаруженных ядерных тел, обогащенных этим TR, мы назвали этот TR как PpNATR76 (76 п.н. P. p atens peri N ucleolar A ssociated T andem R epeat) и проанализировали его далее. Выравнивание 200 последовательностей PpNATR76, обнаруженных в геноме мха, показало высокий уровень консервативности между мономерами.Кроме того, анализ последовательности консенсусного мономера PpNATR76 выявил длинный полипиримидиновый трек ((CCT) _n мотив). Чтобы определить, почему ДНК PpNATR76 была расположена проксимальнее ядрышка, мы картировали 45S рДНК в геном мха. Используется A. thaliana 45S ген рДНК (GenBank: {«type»: «entrez-нуклеотид», «attrs»: {«text»: «X52320.1», «term_id»: «16131 «,» term_text «:» X52320.1 «}} X52320.1) мы обнаружили два минорных локуса рДНК в геноме мха, расположенные на хромосомах 18 и 26, и один главный локус рДНК на хромосоме 20.Хромосомное расположение 45S рДНК и PpNATR76 было идентичным на хромосомах 20 и 26, где они занимали c. Области 250Кб и 16Кб соответственно. Более того, подробный анализ локусов выявил, что PpNATR76 находится между генами 45S рДНК в областях IGS (рис.). Используя данные, доступные для мха, как модельного организма, мы проверили эпигенетический ландшафт ДНК и гистонов в самом большом кластере на Chr20. Мы обнаружили явное снижение метилирования ДНК CG, CHG и CHH в области 45S рДНК / PpNATR76 (рис.). Кроме того, уровень «активных» (h4K4me3, h4K9Ac, h4K27Ac) гистоновых меток был значительно выше в этой области по сравнению с фланкирующими метками (рис.). Мы также проверили данные RNAseq и обнаружили высокий уровень охвата чтения RNAseq для этой области, как и ожидалось для локусов рДНК (рис.).

Геномная организация и эпигенетический ландшафт локуса 45SrDNA / PpNATR76. Верхняя панель представляет собой снимок CoGe GBrowser для P. patens (https: // genomevolution.org /). Внизу показан логотип многократного выравнивания 200 мономеров PpNATR76.

PpNATR76 транскрибируется в lncRNA

Из-за транскрипционной активности области, занимающей PpNATR7, нашей следующей целью было найти P. patens транскрипта, обладающего транскриптом PpNATR76 TR. Этот анализ выявил 16 транскриптов, гены которых расположены на 5 хромосомах (Chr20, Chr19, Chr4, Chr17, Chr14). Только 4 транскрипта имели аннотированные канонические ORF (Pp3c19_9270V3.1, p3c19_9271V3.1, Pp3c4_8299V3.1 и Pp3c14_12290V3.1). Pp3c14_12290V3.1 был единственным транскриптом, который имел ORF с гомологией с известными белками и был аннотирован как NADH: убихинонредуктаза, тогда как предсказанные белки из других PpNATR76, обладающих транскриптами, не показали никакой гомологии с известными белками. Эти данные позволяют предположить, что транскрипты PpNATR76 в основном принадлежат днРНК. Чтобы оценить надежность результатов, мы провели количественную ОТ-ПЦР (qRT-PCR) для проверки 5 генов транскрипта PpNATR76 (Pp3c20_303V3.1, Pp3c19_9271V3.1, Pp3c20_283V3.1, Pp3c14_12290V3.2, Pp3c4_8299V3.1) с использованием образцов РНК протонем. Для этого эксперимента ДНК была взята в качестве положительного контроля, тогда как извлеченная РНК и MQ были отрицательными контролями. Затем мы рассчитали разницу между значениями Cq чистой РНК (контроль загрязнения ДНК) и специфической амплификации кДНК. Результаты qRT-PCR показали, что все транскрипты экспрессировались на обнаруживаемых уровнях> 5 дельта. Кроме того, для 3 из 5 генов наблюдалась смысловая, а также антисмысловая транскрипция, тогда как для двух генов (Pp3c20_283, Pp3c14_12290) была обнаружена только однонаправленная транскрипция.В совокупности эти данные доказали существование транскриптов pPNATR76 в соматических клетках и убедительно предположили, что PpNATR76 транскрибируется как часть кодирующих белок и днРНК.

Обсуждение

TR с различными размерами мономеров являются неотъемлемыми частями большинства эукариотических организмов, в которых они участвуют в различных биологических процессах. Хотя было предпринято много попыток понять геномную организацию, структуру и эволюцию TR, их функции в клетке все еще плохо изучены.Здесь мы выполнили новаторскую идентификацию и проверку FISH сателлитных повторов, формирующих длинный массив в геноме модельного растения, P. patens . Мы разработали конвейер pyTanFinder и идентифицировали 19 TR, из которых 5 TR генерировали сигналы FISH. Мы обнаружили как связанные с гетерохроматином, так и транскрибируемые TR. Геномный и транскриптомный анализы идентифицировали IGS-ассоциированный TR мха, PpNATR76, который был изолирован в перинуклеолярном пространстве и транскрибировался как часть днРНК.

конвейер pyTanFinder идентифицировал расположенные в гетерохроматине сателлитные последовательности ДНК во мхе

Достижения в области секвенирования генома и биоинформатики за последние десятилетия привели к прогрессу в выделении сателлитных повторов (обзор (Lower et al.2018)). Мы исследовали спутник модельного растения, P. Patens , используя наш конвейер pyTanFinder и библиотеку повторов, созданную RepeatExplorer (Novák et al. 2013). Хотя было разработано большое количество инструментов идентификации TR (обзор (Lower et al.2018), конвейер pyTanFinder может быть очень полезен, если доступная последовательность полного генома сильно фрагментирована. Очень часто сателлитные повторы разрушаются во время сборки генома (Saint-Oyant et al. 2018). Следовательно, идентификация TR в одном локусе, произведенная некоторыми инструментами, может привести к некоторым ложным результатам. Это ограничение преодолевается в конвейере pyTanFinder путем кластеризации похожих TR, идентифицированных во всех последовательностях хромосом и каркасов, с последующим вычислением количества TR на основе всех последовательностей в кластере.Этот подход также позволяет применять pyTanFinder для идентификации сателлитных повторов в данных секвенирования генома одной молекулы в режиме реального времени, генерируемых современными платформами PacBio и Oxford NanoPore. Наши предварительные результаты, полученные на данных PacBio Aegilops taushii Coss., 1850 (архив SRA в NCBI: SRX3098055), подтверждают это предположение (данные не показаны). Новаторская идентификация сателлитной ДНК и ее FISH-картирование в ядре мха, выполненные в этом исследовании, привели к набору цитогенетических маркеров, которые могут быть полезны для будущей интеграции геномных и цитогенетических данных.Как показано на примере многих других растений, интеграция хромосомных данных и данных последовательностей может помочь пролить больше света на эволюцию генома и исправить сборку генома ((Fransz et al., 2016, Kirov et al., 2015, Saint-Oyant et al., 2018, Ширер и др., 2014)). Молекулярные цитогенетические методы, такие как FISH, никогда не применялись к мхам; Таким образом, подготовка хромосом и процедуры картирования FISH, описанные в этом исследовании, важны для дальнейшего улучшения сборки и аннотации генома P. Patens .Интересно, что недавние (Lang et al. 2018), а также более ранние работы (Melters et al. 2013) показали низкую распространенность TR в геномах базальных растений. В соответствии с этим наблюдением Lang et al. (2018) также наблюдали отсутствие четких участков гетерохроматина на ядрах, которые обычно содержат TR. Хотя мы также не наблюдали больших блоков гетерохроматина, наша процедура подготовки слайдов позволила нам идентифицировать некоторые небольшие блоки гетерохроматина в ядре мха (Рис.,). Кроме того, конвейер pyTanFinder позволил нам выделить по крайней мере один TR Pp19_95, который был обогащен в идентифицированных областях гетерохроматина.Более того, этот повтор демонстрирует сильное метилирование ДНК по сравнению с таковым в соседних регионах, что также указывает на то, что он был локализован в гетерохроматине. Было бы интересно проверить в будущем, сходна ли организация гетерохроматина у базальных растений и покрытосеменных.

Межгенный спейсер 45S рДНК является источником сателлитных некодирующих транскриптов: принцип, который сохраняется от первых наземных растений к человеку

Мы обнаружили один сателлитный повтор, связанный с IGS, названный PpNATR76, который имел несколько отличительных особенностей в геноме и уровни транскриптома: 1) его ДНК занимала отдельные перинуклеолярно-ассоциированные хроматиновые тела, и большинство его копий располагалось в спейсере рДНК IGS 45S; 2) его ДНК была гипометилирована и связанные гистоны были обогащены «активными» метками хроматина и 3) она была транскрибирована в днРНК.Количество (четыре сигнала для диплоидного ядра, использованные в этом исследовании) сигналов PpNATR76 FISH соответствовало ранее наблюдаемым 1-2 локусам рДНК у мхов и других мохообразных (Berrie 1958a, b, Rosato et al. 2016, Sone et al. 1999). ). Поскольку этот TR был частью области IGS, а его сигналы FISH на ядре (рис.) Были идентичны 45S рДНК (рис.), Мы предположили, что наблюдаемые перинуклеолярные тельца PpNATR76 были бугорчатым хроматином рДНК. На первый взгляд, это не соответствовало «активным» гистоновым меткам и почти отсутствию метилирования ДНК в области 45S рДНК / IGS / PpNATR76, поскольку структура выступа состояла из гетерохроматина.Однако конденсированные выступы и деконденсированные транскрипционно активные гены рРНК вкраплены в одну область NOR (Pontes et al. 2003). Действительно, мы также обнаружили высокую концентрацию «неактивных» меток хроматина в этой области генома P. patens (h4K9me2, h4K27me3, данные не показаны). Из-за идентичности «активных» и «неактивных» последовательностей 45S рДНК, биоинформатическое картирование считывания Chip-seq в геном не способно их различить и приводит к ошибочным результатам, когда «активный» и «неактивный» хроматин маркирует совместно. произошел.Следовательно, PpNATR76 TR является частью как узелковидного («неактивного», визуализируемого FISH), так и транскрипционно активного (невидимого для FISH из-за низкой локальной ядерной плотности меченых локусов и ограниченной чувствительности FISH) хроматина.

Повторы сателлитной ДНК часто происходят в растительной ДНК IGS и имеют сходную организацию у близкородственных видов (Almeida et al. 2012, Falquet et al. 1997, Jo et al. 2009, Lim et al. 2004). Однако длина PpNATR76 (76 п.н.) была намного короче, чем у ранее описанных IGS-ассоциированных TR (> 170 п.н.).IGS-ассоциированные короткие TR (STR) с диапазоном длин мономеров от 2 до 12 также были описаны у людей (Goodwin and Swanson 2014, Yap et al. 2018). Интересно, что мы показали существование PpNATR76, содержащего днРНК, в клетке мха. Недавно Yap et al. (2018) также обнаружили множественные STR-обогащенные днРНК (PNCTR) в клетках человека. Кроме того, днРНК PpNATR76 содержат полипиримидиновый (пуриновый) трек, который также был идентифицирован в РНК PNCTR, где он распознается специфичными для пиримидинового тракта белками (PTBP1) -специфичными мотивами, что позволяет ему изолировать значительную долю PTBP1 в перинуклеолярный отсек.Полипуриновые участки были также обнаружены в другой днРНК, связанной с IGS, PAPAS (Bierhoff H et al., 2017, Zhao et al. 2018), в которой этот мотив участвует в образовании триплекса ДНК-РНК, который связывает эти днРНК с энхансерная область генов рРНК. Описанные особенности делают геномную и транскриптомную организацию днРНК PpNATR76 мха и днРНК, родственные IGS человека, весьма схожей. Хотя необходимы будущие исследования lncRNAs PpNATR76, можно предположить, что транскрипция функционально важных сателлитных lncRNAs из области IGS является консервативным принципом между растениями и людьми.Из-за активности локусов рДНК, связанные с IGS TR занимают исключительное положение в геноме, что способствует их транскрипции, что приводит к возникновению новых классов днРНК. Эта замечательная особенность отличает этот тип TR от TR, ассоциированных с гетерохроматином. Наши результаты ставят ряд вопросов о возможной функции днРНК PpNATR76, а также о существовании сходных IGS-связанных днРНК у других базальных видов и покрытосеменных растений.

Выводы

В этом исследовании мы расширили список модельных видов растений для исследований TR с помощью хорошо известного модельного «базального» растения, P. Patens и предоставил набор новых проверенных FISH TR для дальнейшего функционального и эволюционного анализа мха. Мы описали новый конвейер pyTanFinder для идентификации TR во фрагментированных последовательностях генома и продемонстрировали принцип сохранения IGS-связанной экспрессии TR lncRNA между человеческими и ранними дивергированными наземными растениями. Результаты нашей работы ускорят дальнейшие исследования биологии и функции TR в растительной клетке с использованием модельного «базального» растения P. патентов .

Благодарности

Работа поддержана Российским научным фондом (проект № 17-14-01189). Мы благодарим доктора Игоря Можайко за помощь в размножении мхов и Анну Филиппову за техническую помощь в подготовке рукописи.

Примечания

Цитирование

Киров И., Гилёк М., Князев А., Фесенко И. (2018) Пилотный спутниковый анализ модельного растения Physcomitrella patens выявил транскрибируемый тандемный повтор с высоким содержанием копий, связанный с IGS.Сравнительная цитогенетика 12 (4): 493–513. https://doi.org/10.3897/CompCytogen.v12i4.31015

Ссылки

• Almeida C, Fonsêca A, dos Santos KGB, Mosiolek M, Pedrosa-Harand A. (2012). предковая рДНК IGS у Phaseolus (Fabaceae). Геном 55: 683–689. 10.1139 / g2012-059 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Altschul SF, Madden TL, Schäffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W., Lipman DJ. (1997) Gapped BLAST и PSI-BLAST: новое поколение программ поиска в базе данных белков.Исследование нуклеиновых кислот 25: 3389–3402. 10.1093 / nar / 25.17.3389 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Amagai A, Honda Y, Ishikawa S, Hara Y, Kuwamura M, Shinozawa A, Sugiyama N, Ishihama Y, Takezawa D , Sakata Y. (2018) Фосфопротеомное профилирование выявляет АБК-ответные фосфосигнальные пути у Physcomitrellapatens . Завод Журнал 94: 699–708. 10.1111 / tpj.13891 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Бенсон Г. (1999) Поиск тандемных повторов: программа для анализа последовательностей ДНК.Исследование нуклеиновых кислот 27: 573–580. 10.1093 / nar / 27.2.573 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Берри Г.К. (1958a) Ядерная хромосома в печени. I. Труды Британского бриологического общества 3: 422–426. 10.1179 / 006813858804829451 [CrossRef] [Google Scholar]
• Берри Г.К. (1958b) Ядерная хромосома в печени: II. Филогенетическое предположение. Труды Британского бриологического общества 3: 427–429. 10.1179 / 006813858804829334 [CrossRef] [Google Scholar]
• Чен Э.С., Чжан К., Николас Э., Кэм Х.П., Зофалл М., Гревал С.И.(2008) Контроль клеточного цикла транскрипции центромерных повторов и сборки гетерохроматина. Nature 451: 734. 10.1038 / nature06561 [PubMed] [CrossRef]
• Chujo T, Hirose T. (2017) Ядерные тела, построенные на архитектурных длинных некодирующих РНК: объединяющие принципы их конструкции и функции. Molecules and Cells 40: 889. [Бесплатная статья PMC] [PubMed]
• Cock PJ, Antao T, Chang JT, Chapman BA, Cox CJ, Dalke A, Friedberg I, Hamelryck T, Kauff F, Wilczynski B. (2009) Biopython: свободно доступные инструменты Python для вычислительной молекулярной биологии и биоинформатики.Биоинформатика 25: 1422–1423. 10.1093 / bioinformatics / btp163 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Куадрадо Б., Джув Н. (2010) Хромосомное обнаружение повторов простых последовательностей (SSR) с использованием неденатурирующих FISH (ND-FISH). Хромосома 119: 495–503. 10.1007 / s00412-010-0273-x [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Dernburg AF, Sedat JW, Hawley RS. (1996) Прямые доказательства роли гетерохроматина в мейотической сегрегации хромосом. Cell 86: 135–146. 10.1016 / S0092-8674 (00) 80084-7 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Falquet J, Creusot F, Dron MJ.(1997) Молекулярный анализ единицы рДНК Phaseolusvulgaris и характеристика сателлитной ДНК, гомологичной субповторам IGS. Физиология и биохимия растений 35: 611–622. [Google Scholar]
• Ферри П.М., Барбаш Д.А. (2009) Видоспецифичный гетерохроматин предотвращает сегрегацию митотических хромосом, вызывающую гибель гибридов у Drosophila Plos Biology 7: e1000234. 10.1371 / journal.pbio.1000234 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef]
• Фесенко И., Хазигалеева Р., Киров И.и другие. (2017) Альтернативный сплайсинг формирует транскриптом, но не разнообразие протеома в Physcomitrellapatens Scientific Reports 7: 2698. 10.1038 / s41598-017-02970-z [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef]
• Фесенко И., Середина А., Арапиди Г, Птушенко В. и др. (2016) Протеом хлоропласта Physcomitrellapatens изменяется в ответ на протопластацию. Границы растениеводства 7: 1661. 10.3389 / fpls.2016.01661 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef]
• Фесенко И.А., Арапиди Г.П., Скрипников А.Ю.и другие. (2015) Конкретные пулы эндогенных пептидов присутствуют в клетках гаметофора, протонемы и протопластов мха Physcomitrellapatens BMC Plant Biology 15: 87. 10.1186 / s12870-015-0468-7 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef ]
• Франс П., Линк Дж., Ли CR. и другие. (2016) Молекулярный, генетический и эволюционный анализ парацентрической инверсии у Arabidopsisthaliana . Журнал растений 88: 159–178. 10.1111 / tpj.13262 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Goodwin M, Swanson MS.(2014) Неправильная регуляция РНК-связывающего белка при нарушениях экспансии микросателлитов. Системная биология РНК-связывающих белков. Springer: 353–388. 10.1007 / 978-1-4939-1221-6_10 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef]
• Gosden J, Hanratty D, Starling J, Fantes J, Mitchell A, Porteous D. (1991) Олигонуклеотидная грунтовка in situ Синтез ДНК (PRINS): метод картирования хромосом, бэндинга и исследования организации последовательностей. Цитогенетические и геномные исследования, 57: 100–104. 10.1159 / 000133122 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Hagberg A, Swart PS, Chult D.(2008) Изучение сетевой структуры, динамики и функций с помощью NetworkX. Труды 7 ^-й Питон в научной конференции (SciPy2008). Пасадена, Калифорния, США, 2008. 11–15.
• Хеникофф С., Ахмад К., Малик Х.С. (2001) Парадокс центромеры: стабильное наследование с быстро эволюционирующей ДНК. Наука 293: 1098–1102. 10.1126 / science.1062939 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Хантер JD. (2007) Matplotlib: среда 2D-графики. Вычислительная техника в науке и технике 9.3: 90–95. 10.1109 / MCSE.2007.55 [CrossRef]
• Jagannathan M, Warsinger-Pepe N, Watase GJ, Yamashita YM. (2017) Сравнительный анализ сателлитной ДНК в комплексе видов Drosophilamelanogaster . G3: Гены, геномы, генетика 7: 693–704. 10.1534 / g3.116.035352 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef]
• Jain M, Olsen HE, Turner DJ, Stoddart D, Bulazel KV, Paten B, Haussler D, Willard HF, Akeson M, Miga KH. (2018) Линейная сборка центромеры человека на Y-хромосоме.Nature Biotechnology 36: 321. 10.1038 / nbt.4109 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef]
• Jiang J, Gill BS. (2006) Текущее состояние и будущее флуоресцентной гибридизации in situ (FISH) в исследованиях генома растений. Геном 49: 1057–1068. 10.1139 / g06-076 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Jo SH, Koo DH, Kim JF, Hur CG, Lee S, Yang Tj, Kwon SY, Choi D. (2009) Эволюция рибосомальной ДНК сателлитный повтор в геноме томата. Биология растений BMC 9: 42. 10.1186 / 1471-2229-9-42 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef]
• Хост DE, Eickbush DG, Larracuente AM.(2017) Одномолекулярное секвенирование разрешает детальную структуру сложных локусов сателлитной ДНК в Drosophilamelanogaster . Исследование генома 27: 709–721. 10.1101 / gr.213512.116 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Хрусталева Л.И., Кик С. (2001) Локализация вставки однокопийной Т-ДНК в трансгенный лук-шалот (Allium cepa) с помощью ультра -чувствительный FISH с усилением тирамидного сигнала. Журнал растений 25: 699–707. 10.1046 / j.1365-313x.2001.00995.x [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Киров И., Дивашук М., Ван Лаэр К., Соловьев А., Хрусталёва Л.(2014) Простой метод «SteamDrop» для высококачественной подготовки хромосом растений. Молекулярная цитогенетика 7: 21. 10.1186 / 1755-8166-7-21 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef]
• Киров И.В., Киселева А.В., Ван Лаэр К., Ван Рой Н., Хрусталева Л.И. (2017) Тандемные повторы Alliumfistulosum , связанные с основными хромосомными ориентирами. Молекулярная генетика и геномика 292: 453–464. 10.1007 / s00438-016-1286-9 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Киров И.В., Ван Лаэр К., Хрусталёва Л.И.(2015) Физическое картирование с высоким разрешением фрагментов отдельных генов на 4 и 7 пахитеновых хромосомах Rosa BMC Genetics 16: 74. 10.1186 / s12863-015-0233-9 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef]
• Киров И.В., Ван Лаэр К., Ван Рой Н., Хрусталёва Л.И. (2016) К основанному на FISH кариотипу Rosa L. (Rosaceae). Сравнительная цитогенетика 10: 543–554. 10.3897 / compcytogen.v10i4.9536 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Ланг Д., Эйзингер Дж., Рески Р., Ренсинг С.(2005) Представление и высококачественная аннотация транскриптома Physcomitrellapatens демонстрирует высокую долю белков, участвующих в метаболизме у мхов. Биология растений 7: 238–250. 10.1055 / s-2005-837578 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Lang D, Ullrich KK, Murat F. et al. (2018) Сборка хромосом Physcomitrellapatens в масштабе хромосом показывает структуру и эволюцию генома мха. Журнал растений 93: 515–533. 10.1111 / tpj.13801 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Лим К., Скаличка К., Коукалова Б., Волков Р., Матясек Р., Хемлебен В., Лейтч А., Коварик А.(2004) Динамические изменения в распределении сателлита, гомологичного межгенному спейсеру 26-18S рДНК, в эволюции Nicotiana . Генетика 166: 1935–1946. 10.1534 / genetics.166.4.1935 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Lower SS, McGurk MP, Clark AG, Barbash DA. (2018) Эволюция спутниковой ДНК: старые идеи, новые подходы. Текущее мнение в области генетики и развития 49: 70–78. 10.1016 / j.gde.2018.03.003 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Ma J, Bennetzen JL.(2006) Рекомбинация, перегруппировка, перетасовка и дивергенция в центромерной области риса. PNAS 103: 383–388. 10.1073 / pnas.0509810102 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• May BP, Lippman ZB, Fang Y, Spector DL, Martienssen RA. (2005) Дифференциальная регуляция специфичных для цепи транскриптов центромерных сателлитных повторов Arabidopsis . PLOS Genetics 1: e79. 10.1371 / journal.pgen.0010079 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef]
• Melters DP, Bradnam KR, Young HA.и другие. (2013) Сравнительный анализ тандемных повторов у сотен видов раскрывает уникальное понимание эволюции центромер. Геномная биология 14: R10. 10.1186 / gb-2013-14-1-r10 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef]
• Menon DU, Coarfa C, Xiao W., Gunaratne PH, Meller VH. (2014) siRNA из X-сцепленного сателлитного повтора способствуют распознаванию X-хромосомы у Drosophilamelanogaster . PNAS 111: 16460–16465. 10.1073 / pnas.1410534111 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Новак П., Авила Робледилло Л., Коближкова А., Врбова И., Нойман П., Макас Дж.(2017) TAREAN: вычислительный инструмент для идентификации и характеристики сателлитной ДНК из несобранных коротких чтений. Исследование нуклеиновых кислот 45: e111 – e111. 10.1093 / nar / gkx257 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef]
• Novák P, Neumann P, Pech J, Steinhaisl J, Macas J. (2013) RepeatExplorer: веб-сервер на базе Галактики для характеристики генома эукариотические повторяющиеся элементы из последовательностей чтения следующего поколения. Биоинформатика 29: 792–793. 10.1093 / bioinformatics / btt054 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Ортис-Рамирес К., Эрнандес-Коронадо М., Тамм А., Катарино Б., Ван М., Долан Л., Фейхо Дж. А., Беккер Д. Д..(2016) Атлас транскриптомов Physcomitrellapatens дает представление об эволюции и развитии наземных растений. Молекулярное растение 9: 205–220. 10.1016 / j.molp.2015.12.002 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Pavia I, Carvalho A, Rocha L, Gaspar MJ, Lima-Brito J. (2014) Физическое расположение областей SSR и цитогенетическая нестабильность в Pinussylvestris хромосомы, выявленные ND-FISH. Журнал генетики 93: 567–571. 10.1007 / s12041-014-0412-x [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Переа-Реза К., Блоуер, доктор медицины.(2017) Спутниковые стенограммы локально способствуют формированию центромеры. Клетка развития 42: 201–202. 10.1016 / j.devcel.2017.07.017 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Плохл М., Лучетти А., Мештрович Н., Мантовани Б. (2008) Спутниковые ДНК между эгоизмом и функциональностью: структура, геномика и эволюция тандема повторы в центромерном (гетеро) хроматине. Gene 409: 72–82. 10.1016 / j.gene.2007.11.013 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Понтес О., Лоуренс Р. Дж., Невес Н., Сильва М., Ли Дж. Х., Чен З. Дж., Виегас В., Пикард К. С..(2003) Естественные вариации в доминировании ядрышка обнаруживают взаимосвязь между топологией хроматина организатора ядрышка и транскрипцией гена рРНК у Arabidopsis . PNAS 100: 11418–11423. 10.1073 / pnas.1932522100 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Quatrano RS, McDaniel SF, Khandelwal A, Perroud P-F, Cove DJ. (2007) Physcomitrellapatens : мхи вступают в геномный возраст. Текущее мнение по биологии растений 10: 182–189. 10.1016 / j.pbi.2007.01.005 [PubMed] [CrossRef]
• Rensing SA, Lang D, Zimmer AD.и другие. (2008) Геном Physcomitrella раскрывает эволюционное понимание завоевания земли растениями. Наука 319: 64–69. 10.1126 / science.1150646 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Робледилло Л.А., Коближкова А., Новак П., Бёттингер К., Врбова И., Нойман П., Шуберт И., Макас Дж. (2018) Спутниковая ДНК в Vicia faba характеризуется значительным разнообразием в составе последовательностей, ассоциацией с центромерами и временем репликации. Научные отчеты 8: 5838. 10.1038 / s41598-018-24196-3 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef]
• Rosato M, Kovařík A, Garilleti R, Rosselló JA.(2016) Консервативная организация сайтов 45S рДНК и количество копий гена рДНК среди основных клад ранних наземных растений. PLOS one 11: e0162544. 10.1371 / journal.pone.0162544 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef]
• Руис-Руано Ф.Дж., Лопес-Леон, Мэриленд, Кабреро Дж., Камачо JPM. (2016) Высокопроизводительный анализ сателлитома проливает свет на эволюцию спутниковой ДНК. Scientific Reports 6: 28333. 10.1038 / srep28333 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef]
• Saint-Oyant LH, Ruttink T, Hamama L. et al.(2018) Высококачественная последовательность генома Rosa chinensis для выявления декоративных признаков. Природные растения 4 (7): 473–484. 10.1038 / s41477-018-0166-1 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Schmieder R, Edwards R. (2011) Контроль качества и предварительная обработка наборов метагеномных данных. Биоинформатика 27: 863–864. 10.1093 / bioinformatics / btr026 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Ширер Л.А., Андерсон Л.К., Де Йонг Х., Смит С., Гойкоэча Д.Л., Роу Б.А., Хуа А., Джованнони Д.Дж., Стек С.М.(2014) Флуоресцентная гибридизация in situ и оптическое картирование для исправления расположения каркаса в геноме томата. G3: Гены, геномы, генетика, g3-114. 10.1534 / g3.114.011197 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef]
• Sone T, Fujisawa M, Takenaka M, Nakagawa S, Yamaoka S, Sakaida M, Nishiyama R, Yamato KT, Ohmido N, Fukui K. (1999 5S рДНК Bryophyte была вставлена ​​в повторяющиеся единицы 45S рДНК после дивергенции от высших наземных растений. Молекулярная биология растений 41: 679–685. 10.1023 / A: 1006398419556 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Станек Д., Фокс А.Х.(2017) Ядерные органы: новости о структуре и функциях. Текущее мнение в области клеточной биологии 46: 94–101. 10.1016 / j.ceb.2017.05.001 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Sun Q, Hao Q, Prasanth KV. (2017) Ядерные длинные некодирующие РНК: ключевые регуляторы экспрессии генов. Тенденции в генетике 34 (2): 142–157. 10.1016 / j.tig.2017.11.005 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Talbert PB, Henikoff SJTiG. (2018) Транскрибирование центромер: некодирующие РНК и сборка кинетохор.Тенденции в генетике 34 (8): 587–599. 10.1016 / j.tig.2018.05.001 [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• Valárik M, Bartoš J, Kovářová P, Kubaláková M, De Jong JH, Doležel J. (2004) FISH с высоким разрешением на супер- растянутые рассортированные по потоку хромосомы растений. Журнал растений 37 (6): 940–950. 10.1111 / j.1365-313X.2003.02010.x [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]
• ван Гессель Н., Ланг Д., Рески Р. (2017) Генетика и геномика Physcomitrellapatens . Биология клетки растений 20: 1–32.[Google Scholar]
• Weissensteiner MH, Pang AW, Bunikis I, Höijer I, Vinnere-Pettersson O, Suh A, Wolf JB. (2017) Комбинация сборок короткого, длинного и оптического картирования выявляет крупномасштабные массивы тандемных повторов с популяционно-генетическими последствиями. Исследование генома 27, 697–708. 10.1101 / gr.215095.116 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef]
• Xiao Z, Tang S, Qiu L, Tang Z, Fu S. (2017) Олигонуклеотиды и ND-FISH, отображающие различное расположение тандемных повторов и идентификацию Dasypyrumvillosum хромосомы на фоне пшеницы Молекулы 22: E973.10.3390 / sizes22060973 [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef]
• Яп К., Мухина С., Чжан Г., Тан Дж.С., Онг Х.С., Макеев Е.В. (2018) Короткая тандемная РНК, обогащенная повторами, собирает ядерный компартмент для контроля альтернативного сплайсинга и содействия выживанию клеток. Молекулярная ячейка 72 (3): 525–540. 10.1016 / j.molcel.2018.08.

  No related posts.