Чз маллард отзывы: Сравнение популярных двуствольных ружей МР-27, Favorit и Mallard

Производитель   Ceska Zbrojovka

Страна производитель Чехия

Количество стволов 2

Расположение стволов Вертикальное

Длина ствола 760. 0 (мм)

Калибр 12.0 (мм)

Длина патронника 76.0 (мм)

Магазин Нет

Способ перезарядки Перелом ствола

Дополнительные характеристики

Масса 3.35 без патронов

Длина оружия, мм 1145

Длина ствола, мм 760

Инжектор нет 

Мнение эксперта – Задать вопрос

12. 11.2013 г.

Уважаемый Евгений Геннадьевич, спасибо Вам за ответ на мое письмо! Но, все же, у меня остался ряд невыясненных вопросов. Да, я понял, что выбрал прекрасное ружье для ходовой охоты (Mallard CZ 20/76). Нашел в системе, что даже в переводе с английского языка Mallard означает «кряква» или утка по-русски. Пришел я к нему неспроста… Отец мой, охотник с почти тридцатилетним стажем, сам я военный в запасе. Подержал в руках и опробовал ружья 12 и 16 калибров, как двуствольные, так и одноствольные, горизонтальные и вертикальные, ну и как военный, неплохо знаком с системой Калашникова. Как попался в руки Mallard 20/76 в вертикальном исполнении стволов, душа сказала — это твое!… И в свои 35 лет, я решил поддержать охотничий интерес отца, на ходовой охоте. Но вот беда, по данному ружью почти нет отзывов в сети от пользователей. Как оно себя зарекомендовало: на практике, в охоте… Мне не совсем понятна фраза полноценное охотничье ружье для любой охоты, за исключением крупных животных, на которых у нас разрешаются гладкоствольные ружья 12-го и 16-го калибра.

Вертикалка CZ Mallard 20-го Mag калибра. 2

Е.Г. Копейко

Гладкоствольное охотничье оружие предназначено для самого широкого круга охотников, в т.ч. и для тех, кто по небольшому охотничьему стажу не может приобрести нарезное оружие. Но и они охотятся на копытных, и весьма успешно. Кроме того, некоторые охотники предпочитают на такой охоте именно гладкостволку, что испытать все ощущения от близости животного при стрельбе накоротке.
На гладкоствольном охотничьем оружии патронники длиной 76 мм введены очень давно, причем в ружьях, рассчитанных на патроны с большими снарядами, развивающих высокое давление. Это и есть оружие категории «магнум», так же задуманы и патроны с гильзами длиной 76 мм.
«…меньший износ ресурса ружья…» при стрельбе импортными патронами по сравнению с отечественными, не более чем досужая выдумка.
Ресурс ружья зависит от давления, развиваемого патронами, а не от места происхождения.
Фактические показатели боя определяет сам охотник и пристрелкой выбирает оптимальные патроны, точнее патроны оптимального для своего ружья снаряжения. Если ружье прикладисто, охотник правильно «вложился» в ружье, патроны подобраны по ружью, то и стрельба комфортна.
Ружье без обязательных испытаний не выпускает ни одна фирма.
За много лет охоты во все сезоны в европейской тайге неоднократно ощущал по разным признакам близкое присутствие и медведей, и волков, но видел только случайно и вдали. И только при сознательном троплении и аккуратном приближении можно подойти, по крайней мере, на выстрел из гладкостволки.
Владеющий собой охотник и при случайном нападении крупного хищника сумеет остановить его выстрелом из «двадцатки». А взвинченный охотник при мне и на загонной охоте промахивался по спокойно крадущемуся лосю на 15–20 м из ружья 12-го калибра.

Маленькая машина — большие неприятности?

в Яндекс 1место Алексей Мир oliver_111 VK 7 сағат бұрын

Мысли Высшего Космического Разума.. В Мире нет никакой системы! Бизнес всё взял в свои руки! Нет одной для человечества Темы! Подумайте, как будут жить ваши внуки? Люди «разрушили уже до основания»! Собрать эти развалины очень трудно! Бог решил прекратить повествование, Потому что в Мире несовершенство одно! Совершенство — это Великий Дух! Торговля — это несовершенство! Слово «торговля» даже коробит слух! Это в какой-то степени бешенство! Лозунг: «добиться богатства любой ценой»! Это — Духовного несовершенства лозунг! Такая Планета в Вечности будет — изгой, Её существование будет Цуг Цванг! Мир без Идеи Богу не нужен! Нет в таком Мире Бога подобия! Сегодня каждый человек Тьме служит! Безыдейным человеком управлять удобнее! Обсуждают будущее, кто не видит! Они считают, что деньги решают всё! Только Бог это знает и видит! Деньгами играет экономическое жульё! Напрасно люди слушают политиков басни! Слова политиков не имеют вес! Бог для этих людей очень опасен! Он может неожиданно закрыть занавес! Есть Единая Мировая сцена! Потолок — Небо, а занавес — Твердь! Главный Герой на этой Сцене — есть Вера! Вне этой сцены людей караулит смерть! Люди сегодня живут на заклание! Подчинившись Тьме окончательно! Люди теперь у Тьмы на поклоне! И делают это — очень старательно! Забыли совсем, что они от Бога! Что нет на Планете людей различия! Различия нет в Духовном потоке, У людей развился синдром безразличия! Люди опустились на животный уровень, Оценки уровня жизни только по быту! Наступает очень печальный день! Быть человеку Небом битым! Быть битым, поскольку с согласия раб! Раб — это безответная сущность! Раб — это человек, который в Духе слаб! Раб — это Духовная немощность! Старшие поколения склонились! У молодёжи растут в Духе крылья! Старшие, можно сказать, склонились! У молодёжи есть Надежда стать «Я»! Частица Бога — это Бог в миниатюре! Гордость за Родину — не гордыня! Активность — это неучастие в авантюре, Надо Богу верить всегда и поныне! Надо дать Идею уже Новой России! Новая Россия уже на улицах! Она понимает, через молодёжь, свою Миссию: Людям раздавать Любовь и Сердца! Ни при чём «лидеры» и «демократы»! Власть не принимает Новую Русь! У молодёжи в Душах Свобода раскрыта! У них в Душах Родина вызывает грусть! Молодая Русь расправляет Крылья! Ей дано Богом на это Право! Все Мечты молодых станут ЯВЬю! У Новой Руси в Душе — есть Правда! Аминь. Отец Абсолют.

Mallard by Mallard (Альбом, Art Rock): Обзоры, Рейтинги, Кредиты, Список песен

Борегар поместил диск в чейнджер и нажал кнопку воспроизведения.«Бобо, это я, или певец звучит так, как будто он отполировал бутылку Джека Дэниэлса перед записью этого альбома?» Кот вставил … «Ага, это будет Сэм Галпин на вокале. Скажи, ты поймал эту вторую мелодию? Она называется« She’s Long and She’s Lean ». Милый маленький фанк-кантри-рокер с такими маленькими словами мудрости:

«Слишком много раз я просыпался на полу;
Бросить вызов гравитации, найти пол;
Спотыкаясь на улице, ища какую-нибудь сцену. »

«Скажи, что на этом треке хорошая гитара», — заметил я.«Ага», согласился кот … «Это был Билл Харклроад». «Скажи, Бобо, трек номер шесть звучал знакомо». «Это должно … Это называется« Desperadoes Waiting For A Train », кавер на кавер Гая Кларка, обработанный быстро. Это мило». Кот продолжил … «Следующая мелодия,« A Piece of Me », также является выдающейся песней. В дополнение к Harkleroad и Galpin, группу завершают Марк Бостон на басу и Арт Трипп на барабанах. All-n -Все, я думаю, что музыкальность на этом альбоме очень хорошая, хотя на некоторых треках, я думаю, группа стремится к более «джазовому» звучанию, которое заставляет меня немного терять фокус ».

«Бобо, пара вопросов: что такое« Крылатый тускадеро »и каков ваш рейтинг для Mallard ?», — спросил я крутого домашнего кота. Кот ответил … «Что касается первого, то я не имею ни малейшего представления. Что касается второго, то я даю этому альбому три с половиной звезды, что делает его рекомендуемым альбомом. Наша копия — двойная. со вторым и последним альбомом группы, In a Different Climate . Мы с нетерпением ждем возможности пересмотреть этот альбом ».

Mallard Homes, Inc. — Лоуренс, Канзас, США 66044

Основанная в 1999 году Келли Дрейк, Mallard Homes, Inc.является одним из ведущих строителей и экспертов по ремонту домов Лоуренса. Внимание Келли к профессионализму и деталям, а также его практический подход к построению и обслуживанию клиентов можно проследить еще со времен его работы в качестве корпоративного поверенного. Миссия Mallard Homes проста … Постройте каждый дом и район и завершите каждый проект по пяти простым принципам: -Создайте уникальный, пригодный для жизни дизайн дома как часть района -Используйте соответствующие качественные материалы и комплектующие. -Используйте высококвалифицированных преданных мастеров -Обеспечьте непревзойденное профессиональное обслуживание клиентов, общение и поддержку -Будьте лидером в рациональном использовании ресурсов: энергии, материалов и окружающей среды. Mallard Homes строит и реконструирует дома, которые должны быть уникальными и адаптированными к образу жизни различных домовладельцев.Все материалы и компоненты, используемые во время строительства или реконструкции Mallard Homes, исследуются и оцениваются на основе их долговечности, стиля, согласованности, качества и пригодности для каждого дома. Каждый мастер, участвующий в процессе строительства или реконструкции, как сотрудник, так и субподрядчик, должны придерживаться высоких стандартов навыков, качества и обслуживания клиентов. Каждый член команды должен выполнять свою работу так, как если бы он строил или реконструировал свой собственный дом. Mallard Homes разработала инновационную программу обслуживания клиентов и общения, чтобы держать каждого покупателя или домовладельца в курсе во время процесса строительства, реконструкции и покупки.Если после постройки или ремонта дома возникнет проблема, Mallard Homes и все члены ее команды стремятся предоставить своевременные и вежливые ответы и решения. Mallard Homes гордится тем, что у них есть довольные домовладельцы, просто спросите одного. Для Mallard Homes экологичное строительство означает включение экологических соображений и ресурсоэффективности на каждом этапе строительства дома и процесса землеустройства, чтобы минимизировать воздействие на окружающую среду. При проектировании, строительстве и эксплуатации дома следует учитывать эффективность использования энергии и воды, разработку участка, ресурсосберегающий дизайн и материалы здания, качество окружающей среды в помещении и техническое обслуживание домовладельцев.

Основы генетики окраса уток, полученных от кряквы | Куры заднего двора

Для начала мы рассмотрим некоторые основные генетические принципы. Аллели (одна из двух или более альтернативных форм гена, которые находятся в одном и том же месте хромосомы) могут быть доминантными или рецессивными. Доминантный аллель, как бы он ни звучал, является доминантным и выражается, даже если есть только одна его копия. Для экспрессии рецессивного аллеля требуется две копии.

Таким образом, утенку нужно будет унаследовать только один доминантный аллель от одного из своих родителей, чтобы этот признак проявился, но ему необходимо получить две копии рецессивного аллеля, по одной от каждого родителя, для проявления рецессивного признака.

Кроме того, у птиц другие хромосомы, чем у нас. У самца птицы есть хромосомы ZZ, а у самки — хромосомы ZW. Некоторые черты связаны с полом, что означает, что они связаны с Z-хромосомой. Поскольку у женщин есть только одна Z-хромосома, им нужно получить только один аллель, чтобы признак мог проявиться, независимо от того, рецессивный он или доминантный. Мужчинам необходимо унаследовать две копии, чтобы признак мог проявиться, если это рецессивный признак. Примером этого может быть шоколадный цвет, о котором мы поговорим позже.

Вы можете использовать эти сцепленные с полом гены для создания сцепленных с полом утят, у которых самцы и самки вылупляются разного цвета.

Давайте начнем с генетики окрасов. Мы начнем с рассмотрения отдельных генов. Знак + рядом с некоторыми из этих аллелей указывает на то, что это гены дикого типа, обнаруженные у исходной дикой кряквы. Аллели, написанные с заглавной буквы, являются доминирующими, а прописные строчные — рецессивными.

Вот пример того, как эти гены записаны для описания цвета утки с использованием основного серого цвета кряквы:

M + M + Li + Li + e + e + bl + bl + C + C + B + B + r + r + D + D + Bu + Bu +

Вышеупомянутая последовательность для дракона. d.d

Это аллель темной кряквы. Он удаляет типичные полосы на глазах, обнаруженные в основном узоре кряквы. У утят пигмент равномерно распределяется по телу, при этом не видны обычные полосы на глазах или пятна на спине. У взрослых самок отсутствуют завязки на глазах, а у взрослых самцов — горловое кольцо и бордовая грудь. Этот аллель рецессивен, и утка должна иметь две его копии, чтобы он мог проявиться.

Вот обычная пастельная самка с геном M +, первая кряква, а вторая — тёмно-пастельная самка с тёмно-тёмной кряквой.Обратите внимание на ее отсутствие полосок на глазах; эти самки точно такого же цвета, если не считать этого гена.

Аллели фазы цвета

Эти аллели воздействуют на гены кряквы, изменяя цвет, либо добавляя белый, либо осветляя их, либо и то, и другое. В основном это более заметно у самок.

Li +

Это ваша основная фаза дикого цвета, самая темная. Серые утки, руны и кряквы — все этого цвета.

li

Это легкая фаза. h

Это ген арлекина. Создает мой любимый цвет у уток — снежный. Это осветляет коричневый цвет, увеличивает количество белого в оперении птицы и создает красивый арлекинский узор. У утят очень заметна такая окраска при вылуплении — они желтые с черной крапинкой на пуху. У взрослых также отсутствуют полосы на глазах. Породы этого окраса включают белоснежных колков и валлийских арлекинов серебристой фазы.

Первый — это белоснежный утенок, а второй — валлийский арлекин серебристой фазы.

Черные аллели (e +, E)

Этот ген определяет, черная утка или нет, и очень прост. У этого гена всего два аллеля.

e +

Это аллель дикого типа, что в основном означает «не черный». Он рецессивный, поэтому у утки должно быть две копии, чтобы она не была черной. Все окрасы типа кряквы основаны на этом аллеле.

Голубая олененок Call duck, показанная ниже, должна иметь генотип e + e +, в противном случае она была бы синей, а не синей оленевидной.

E

Этот аллель называется расширенным черным. Если у утки есть хотя бы одна копия этого гена, ее основной цвет становится черным, а не кряквой. Таким образом, утка, которая в противном случае имела бы обычный окрас кряквы, после унаследовав копии этого гена, вместо этого будет черной.

У этого несимметричного селезня Зова черной сороки должна быть по крайней мере одна копия E, а возможно и две:

Голубые аллели (bl +, BL

) Эти аллели составляют ген голубого разведения.Этот ген в первую очередь является разбавителем эумеланина (черного пигмента). Этот ген размножается так же, как BBS (синий, черный, всплеск) у кур. Одна копия аллеля синего разведения дает синюю птицу. Две копии дают серебряную птицу. Этот ген может действовать на все цвета.

bl +

Это основной аллель дикого типа. Это отсутствие гена голубого разведения. Утка с двумя копиями этого аллеля — ваш основной, а не синий цвет.

У этой серой утки есть две копии аллеля bl +:

Bl

Это аллель синего разведения.Птица с одной копией этого аллеля — синяя. Птица в двух экземплярах — серебряная. Некоторые виды серебра могут быть настолько светлыми, что кажутся почти белыми.

Фрист — голубая олененок Калл, у которой есть одна копия аллеля Bl. Вторая — пастельная утка Call, у которой есть две копии аллеля Bl, что делает ее еще светлее.

Синий и пастельный может быть трудно различить на некоторых цветах кряквы, например, на снежном, но вы все равно можете сказать. Крыльевое зеркало — это подарок. Когда у утки есть копия аллеля Bl, их зеркало становится серого цвета.Два экземпляра светло-серого, почти серебристого цвета.

Первый — это зеркало обыкновенной снежной птицы, в данном случае валлийского дракона-арлекина. Во-вторых, это зеркало синего снежного.

Белые аллели (C +, c)

Эти аллели контролируют белый ген. Ген белого фактически подавляет цветной пигмент, предотвращая его образование или попадание в перо. Таким образом, не имеет значения, какого цвета утка в противном случае была бы, если у нее есть два рецессивных белых аллеля, она белая.Из-за этого двое белых, скрещенных вместе, могут дать только белое потомство.

C +

Это аллель небелого дикого типа. Он доминантный, поэтому утка с одной копией этого гена не будет белой. Они могут нести белый цвет или быть гомозиготными по C +, но в любом случае они не будут белыми.

c

Это рецессивный белый аллель. Этот аллель делает уток белыми. Он рецессивный, поэтому, чтобы утка была белой, она должна иметь две копии.Белый цвет эпистатичен для всех других цветных генов, поэтому любая утка, несущая две копии, будет белой, несмотря ни на что.

Эта утка-пекин внизу должна быть гомозиготной по белому. Она могла быть любого цвета «снизу».

Биббинг Аллели (B +, b)

Это аллели, которые контролируют рецессивное биббинг. Также может быть другой доминантный ген, связанный с расширенным черным, или этот тип нагнетания может быть эффектом взаимодействия, мы не уверены.Но этот тип биббинга, контролируемый этими аллелями, рецессивен.

B +

Это доминантный аллель дикого типа без перемычек. У любой утки с этим аллелем не будет рецессивного нагрудника. Тем не менее, у них все еще может быть нагрудник, поскольку некоторые нагрудники связаны с удлиненным черным.

b

Это аллель рецессивного биббинга. Любая утка, у которой есть две копии этого аллеля, будет иметь нагрудник. Иногда вы видите кряквы с нагрудниками, и это может быть связано с этим аллелем.Пример такой кряквы можно увидеть здесь.

Паттерн бегуна Аллели (r +, R)

Этот ген назван в честь паттерна, наблюдаемого у палевых и белых бегунов, отсюда и название «Паттерн бегуна». Эти аллели вызывают белые узоры на перьях. Иногда получившиеся узоры называют пестрыми, а иногда — карандашными. Окрас палевых и белых бегунов обусловлен этим геном. Сорока — это комбинация рисунка бегуна и нагрудника.

r +

Это основной аллель дикого типа.У утки с двумя копиями этого аллеля нет белых пятен бегунка.

R

Это аллель для белой маркировки. Он имеет переменную экспрессию и, по-видимому, находится под влиянием неизвестных модифицирующих генов. Этот же ген вызывает белые отметины у оленьих и белых бегунов, нарисованных карандашом криков, сорок и т. Д. Одна копия аллеля даст птице белые отметины.

У этой серебристой утки по вызову сороки есть нагрудник и две копии аллеля R:

Аллели разведения шоколада (D +, d)

Этот ген контролирует разведение шоколада, независимо от того, имеет ли утка шоколадный цвет или нет.Разбавляет черный пигмент до шоколадно-коричневого цвета. Этот ген доставляет удовольствие, потому что он связан с полом. Как уже говорилось ранее, у птиц другие хромосомы, чем у нас, причем самцы — ZZ, а самки — ZW. Разведение шоколада является рецессивным и связано с Z-хромосомой.

D +

Это аллель дикого типа, а не шоколада. Утка, у которой есть одна или две копии этого аллеля, не будет шоколадной.

d

Этот аллель вызывает разведение шоколада.Он рецессивен и связан с полом, поэтому мужчине нужно получить две его копии, чтобы быть шоколадным. Однако женщине, имеющей только одну Z-хромосому, нужно унаследовать только одну копию, чтобы она могла выражаться и быть шоколадной. Этот факт можно использовать для создания связанных с полом утят, у которых самцы и самки вылупляются разного цвета.

Утки Кэмпбелл цвета хаки получают свой окрас от этого аллеля, как и шоколадные звонки, шоколадные анконы и т.д. в звонках.

Самка утки по вызову шоколадного цвета и имеет одну копию аллеля d:

Аллели разведения баффа (Bu +, bu)

Этот ген контролирует разведение баффа, которое осветляет перья утки, а также их клюв, лапы и ступни. Как и шоколад, этот ген также сцеплен с полом и рецессивен.

Bu +

Этот аллель является аллелем дикого типа, что означает, что утка не является буйволовой. Он доминантный, поэтому, если у утки есть одна или две копии этого аллеля, она не будет баффовой.

bu

Это аллель, вызывающий разведение желтого цвета. Так как он рецессивен и связан с полом, мужчине нужно будет получить две копии, чтобы он вступил в силу, в то время как женщине нужна только одна и фактически может быть только одна. Этот ген сделает утку более светлой.

Как и следовало ожидать, баффовые орпингтонские утки, подобные приведенным ниже, получают свой баффовый цвет от этого гена.

Теперь, когда мы рассмотрели все различные гены окраски, все это можно объединить.г). У него есть одна копия гена голубого разведения (Bl), поэтому мы знаем, что это голубой палевый, потому что у него нет расширенного аллеля черного (E). Мы также знаем, что он несет рецессивный белый цвет (c).

Что насчет этого?

M + M + Li + Li + Ee + Blbl + C + C + B + B + r + r + D + — Bu + —

Вы угадали синюю майку? Если да, то вы были правы! У нее есть расширенный аллель черного (E), превращающий ее основной цвет в черный, и один аллель Bl, разбавляющий ее до синего. У нее есть нагрудник, потому что он связан с аллелем E.

Вот она:

Вы также можете использовать эту информацию для планирования разведения. Скажем, у вас есть эта утка и один голубой олененок. Вы действительно хотите пастельных утят, но вы не можете купить больше уток. Генотип дракона следующий:

M + M + Li + Li + e + e + Blbl + C + C + B + B + r + r + D + D + Bu + Bu +

Можете ли вы соединить эту самку с голубым палевым самцом и получить пастель утята?

Да, можно. У нее есть аллель e +, поэтому она может производить основных утят кряквы.У нее есть один аллель Bl, как и у селезня, поэтому некоторые из их потомков унаследуют одну копию от них обоих, что сделает их серебряными. Серебро на основе кряквы — пастельное.

Глядя на имеющуюся у нас информацию, мы можем сказать, что вместе эти утки могут давать потомство с черными, синими, серебряными, серыми, голубыми и пастельными окрасами.

Мы также можем работать в обратном направлении, чтобы выяснить, каковы генотипы родительских уток, глядя на их потомство.

Допустим, у вас есть селезень слева, и вы повели его с этой уткой справа:

Самец серый, он был выведен из загона, составленного из снежных, сумеречных и серых цветов.d Li + Li + e + e + BlBl C + C + B + B + r + r + D + — Bu + —

В заключении

Знание того, как работает генетика окраса и как все это объединить, поможет вам узнать, чего ожидать, когда разведение уток и как сочетать цвета при разведении, чтобы получить новые цвета, или убедиться, что вы получаете желаемые цвета.

Если вы хотите повеселиться, играя с генетикой окраса, вы можете воспользоваться этим калькулятором генетики окраса уток.

Вы также можете просмотреть форум Ducks здесь, на BYC, чтобы найти множество тем, демонстрирующих все великолепные цвета уток, а также несколько тем, которые также обсуждают генетику окраса.

(PDF) Видовая геномика и роль Z-хромосомы на ранних стадиях дивергенции мексиканских уток и крякв

Nosil P, Gompert Z, Farkas TE et al. (2012) Геномные последствия

процессов множественного видообразования у палочника.

Труды Лондонского королевского общества Серия B: Биологические

Sciences, 279, 5058–5065.

Novembre J, Stephens M (2008) Интерпретация основных компонентных анализов пространственной генетической изменчивости популяции.Природа

Генетика, 40, 646–649.

Орр Х.А. (2001) Генетика видовых различий. Тенденции в

Ecology & Evolution, 16, 343–350.

Палмер Р.С. (1976) Справочник птиц Северной Америки. Йельский университет —

Versity Press, Нью-Хейвен, Коннектикут.

P

erez-Arteaga A, Gaston K (2004) Динамика численности диких птиц

в Мексике, 1961–2000: основа для планирования сохранения. Био-

логическая консервация, 115, 343–355.

Перес-Артеага А., Гастон К.Дж., Кершоу М. (2002) Популяция

тенденции и приоритетные природоохранные зоны мексиканской утки Анас

diazi.Bird Conservation International, 12,35–52.

P

erez-Figueroa A, Garc

ıa-Pereira M, Saura M, Rol

an-Alvarez E,

Caballero A (2010) Сравнение трех различных методов с

обнаружения селективных локусов с использованием доминирующие маркеры. Journal of Evo-

lutionary Biology, 23, 2267–2276.

Peters JL, Roberts TE, Winker K, McCracken KG (2012) Hetero-

генетического разнообразия среди некодирующих локусов не соответствует

нейтральным моделям слияния популяционной истории. PLoS ONE,

7, e31972.

Петерс Дж. Л., Зонстхаген С. А., Лаврецкий П. и др. (2014) Межвидовая гибридизация

способствует высокому генетическому разнообразию и

кажущемуся эффективному размеру популяции в эндемичной популяции

пятнистых уток (Anas fulvigula maculosa). Сохранение

Генетика, 15, 509–520.

Пети Р.Дж., Экскоффер Л. (2009) Поток генов и определение границ видов.

Тенденции в экологии и эволюции, 24, 386–393.

Pfeifer B, Wittelsb €

urger U, Ramos-Onsins SE, Lercher MJ

(2014) PopGenome: эффективный швейцарский армейский нож для населения-

геномных анализов в R. Molecular Biology and Evolution,

31 , 1929–1936.

Phadnis N, Orr HA (2009) Один ген вызывает стерильность самцов

и нарушение сегрегации у гибридов дрозофилы.

Наука, 323, 376–379.

Price TD (2008) Видообразование у птиц. Робертс и компания,

Гринвуд-Виллидж, Колорадо.

Price TD, Bouvier MM (2002) Эволюция постзиготных несовместимостей F1

у птиц. Эволюция, 56, 2083–2089.

Pryke SR (2010) сцепление половых хромосом с предпочтением партнера

и цветовой сигнал поддерживает ассортативное спаривание между

морфами размножающихся рыб. Эволюция, 64, 1301–1310.

Pryke SR, Griffth SC (2009) Постзиготная генетическая несовместимость

между симпатрическими цветовыми морфами.Эволюция, 63, 793–798.

Перселл С., Нил Б., Тодд-Браун К. и др. (2007) PLINK: набор инструментов

для полногеномной ассоциации и популяционного анализа связей —

возраста. Американский журнал генетики человека, 81,

559–575.

de Queiroz K (1998) Общая концепция происхождения видов, критерии

видов и процесс видообразования: концептуальная унификация

и терминологические рекомендации. В: Endless

forms: Species and Speciation (ред. Ховарда Д.J., Berlocher S.

H.), стр. 57–75. Издательство Оксфордского университета, Нью-Йорк.

Reeve HK, Pfennig DW (2003) Генетические предубеждения для эффектных самцов:

Некоторые генетические системы особенно способствуют половой селекции

? Proceedings of the National Academy of Sciences of the

United States of America, 100, 1089–1094.

Ridgway R (1886) Предварительные описания некоторых новых видов птиц из южной Мексики, в коллекции

Мексиканской географической и исследовательской комиссии.The Auk,

3, 331–333.

Ruegg K, Anderson EC, Boone J, Pouls J, Smith TB (2014)

Роль связанных с миграцией генов и геномных островов

в дивергенции певчей птицы. Молекулярная экология, 23,

4757–4769.

Rundell RJ, Price TD (2009) Адаптивное излучение, неадаптивное

излучение, экологическое и неэкологическое видообразование.

Тенденции в экологии и эволюции, 24, 394–399.

Sæther SA, Sætre G-P, Borge T et al.(2007) Половая хромосома-

распознавание сцепленных видов и эволюция репродуктивной изо-

лиции у ловцов рыб. Science, 318,95–97.

Sangster G (2014) Применение критериев вида в таксономии птиц

и его значение для обсуждения концепций видов

. Биологические обзоры, 89, 199–214.

Schluter D (2009) Доказательства экологического видообразования и его альтернатива

. Наука, 323, 737–741.

Скотт Н.Дж., Рейнольдс Р.П. (1984) Фенотипическая вариация мексиканской утки

(Anas platyrhynchos diazi) в Мексике.Кон-

дор, 86, 266–274.

Seehausen O (2004) Гибридизация и адаптивное излучение.

Тенденции в экологии и эволюции, 19, 198–207.

Зеехаузен О., Бутлин Р.К., Келлер И. и др. (2014) Геномика и происхождение видов

. Nature Reviews Genetics, 15, 176–192.

Соренсон MD, Fleischer RC (1996) Множественные независимые транс-

положений последовательностей контрольной области митохондриальной ДНК в

ядре. Proceedings of the National Academy of Sciences of

the United States of America, 93, 15239–15243.

Соренсон MD, Ast JC, Dimcheff DE, Yuri T., Mindell DP (1999)

Праймеры для основанного на ПЦР подхода к митохондриальному геному

секвенирование у птиц и других позвоночных. Молекулярная филогеография —

netics and Evolution, 12, 105–114.

Stapley J, Reger J, Feulner PGD et al. (2010) Adaptation geno-

микрофоны: новое поколение. Тенденции в экологии и эволюции, 25,

705–712.

St €

Olting KN, Nipper R, Lindtke D et al.(2013) Геномное сканирование

на предмет однонуклеотидных полиморфизмов выявляет закономерности дивергенции

и потока генов между экологически дивергентными

видами. Молекулярная экология, 22, 842–855.

Sutter A, Beysard M, Heckel G (2013) Полоспецифические клиники подтверждают

порт зарождающегося видообразования у обычных европейских млекопитающих.

Наследственность, 110, 398–404.

Темплтон А.Р. (1981) Механизмы видообразования — популяция

Генетический подход. Ежегодный обзор экологии и систематики,

12,23–48.

Tucker PK, Sage RD, Warner J, Wilson AC, Eicher EM (1992)

Резкий клин половых хромосом в гибридной зоне между

двумя видами мышей. Эволюция, 46, 1146–1163.

Турелли М., Мойл Л.К. (2007) Асимметричная изоляция после спаривания:

Следствие Дарвина из правила Холдейна. Генетика, 176,

1059–1088.

Wang Z, Zhang J, Yang W et al. (2014) Temporal genomic evo-

lution половых хромосом птиц. BMC Evolutionary Biology,

14, 250.

Whitlock MC, McCauley DE (1999) Косвенные измерения потока и миграции гена

: FST [ne] 1 / (4Nm + 1). Наследственность, 82,

117–125.

Винкер К. (2009) Воссоединение фенотипа и генотипа в биологических исследованиях

. BioScience, 59, 657–665.

© 2015 John Wiley & Sons Ltd

14 P. LAVRETSKY ET AL.

НОВЫЕ ИСТОРИИ С ЮГА

к Кристин Ханна ‧ ДАТА ВЫПУСКА: фев. 1, 2008

Конфликтная дружба двух женщин на всю жизнь — это предпосылка сентиментального последнего романа Ханны ( Magic Hour, , 2006 г. и т. Д.), Снова происходящего в штате Вашингтон.

Таллула «Талли» Харт, отец неизвестен, является дочерью хиппи Клауда, который в своей жизни появляется лишь эпизодически.Талли укрывается в семье своей «лучшей подруги навеки», Кейт Муларки, которая не в пользу Талли сравнивает себя с внешностью и харизмой. В колледже «TullyandKate» клятвенно общается и специализируется на коммуникациях. У Талли есть жизненная цель для них обоих: они станут телеведущими. Талли устраивается на стажировку на KCPO-TV в Сиэтле и находит продюсерскую работу для Кейт. Кейт больше не хочет следовать за Талли в радиовещании и ее больше тянет к написанию художественной литературы, но она не решается рассказать об этом своему властному другу. Тем временем в KCPO расцветает любовный треугольник: упорный, неотразимо красивый бывший военный корреспондент Джонни явно влюблен в Талли. Ожидая отказа, Кейт держит в секрете свое увлечение Джонни. Когда Талли получает работу репортера в шоу, похожем на Today , ее карьера превращается в гипердвигатель. Джонни и Кейт начали роман после того, как Талли переехал на Манхэттен, и когда Кейт забеременела дочерью Марой, они женились. Кейт довольна ролью домохозяйки, но ее беспокоит то, что Джонни — второй выбор, и ее нереализованные писательские амбиции.Талли становится ответом Сиэтла Опре. Она нанимает Джонни, что означает богатство для него и Кейт. Но пуговицы Кейт полностью подавлены ожесточенными баталиями из-за ночной одежды и комендантского часа с Марой-подростком, которая боготворила свою крестную мать Талли. В невероятном повороте Талли приглашает Кейт и Мару разрешить их разногласия в ее шоу, только чтобы ослепить Кейт, обвинив ее в прямом эфире в том, что она чрезмерно защищает Мару. Лучшие друзья разошлись. Последняя попытка Талли спасти Клауда не удалась: неисправимый, теперь уже престарелый хиппи снова сбегает.Как только у Кейт развивается позвоночник, она сообщила ужасные новости. Смогут ли друзья помириться, пока не стало слишком поздно?

Дата паба: фев.1, 2008

ISBN: 978-0-312-36408-3

Количество страниц: 496

Издатель: St. Martin’s

Обзор Опубликовано онлайн: 20 мая 2010 г.

Обзоры Киркуса Выпуск: Ноябрь.1, 2007

Поделитесь своим мнением об этой книге

Вам понравилась эта книга?

Бруклинских птиц: Кряква

Кряква ( Anas platyrhynchos ) часто является одной из первых птиц, которую человек учится определять.Помню, когда я был ребенком, мама водила меня в Проспект-парк кормить уток. Иногда мы также посещали пруды в Бруклинском ботаническом саду. Она брала старого хлеба и приносила с нами на случай, если птички будут поблизости. Я заметил, что у уток были либо зеленые головы, либо все коричневые, и я помню, как узнал, что с зелеными головами были самцы, а коричневые — самки, — ранний урок научиться различать птиц.

Кряква — самая распространенная утка в Соединенных Штатах, она хорошо приспособилась к жизни и гнездованию в развитых районах.Он встречается в Северной Америке, Европе, Азии и Северной Африке, и хотя это мигрирующий вид, кажется, что он всегда присутствует в большом количестве. Он также легко спаривается с другими видами, особенно с черной уткой, и дает все типы гибридов. Кряква считается прародительницей практически всех домашних уток, кроме московской.

Кряквы предпочитают гнездиться возле прудов или болотистых мест, и они часто делают это в Бруклинском ботаническом саду. Процесс гнездования фактически начинается осенью, когда начинаются ухаживания.Ухаживание продолжается всю зиму и заканчивается весной, когда самка откладывает от 5 до 14 яиц. Она насиживает их одна, а также сама выращивает утят. В это время мужчины объединяются в «холостяцкие» группы и просто тусуются.

По окончании периода размножения и самцы, и самки линяют свои маховые перья и переходят в стадию «затмения», которая длится три-четыре недели. В это время как самцы, так и самки, которые в этот момент выглядят одинаково, обычно стараются спрятаться, поскольку они не могут летать и очень восприимчивы к хищникам.

Кряквы — веселые утки. То есть вместо того, чтобы нырять за едой, они кормятся, поднимая хвост вверх и просовывая голову под воду. Они полагаются на разнообразную пищу, в том числе на водных насекомых, стрекоз, улиток и водную растительность — их разнообразная диета — один из ключей к их успеху.

Хотя кряквы могут довольно легко найти пищу для себя, хлеб, который люди вынуждены предлагать им, похоже, не оказывает вредного воздействия. Это хорошо, потому что даже со всеми знаками «Пожалуйста, не кормите уток» в парках, когда люди слышат это «кряк, кря», они предполагают, что утки, должно быть, голодны, и собираются их покормить.Эти отношения сделали кряквы не только многочисленными, но и любимыми.

В сериале «Птицы Бруклина» рассказывается о некоторых из самых знакомых и интересных птиц, которые называют округ Кингс своей средой обитания.

Джо Джунта руководил прогулками с птицами для Общества охраны природы и Общества естественной истории Саут-Форк, а также провел курс по птицеводству для начинающих на Summer Fest. Он много водил птиц в США, Панаме, Белизе, Венесуэле и Коста-Рике.

• Поделиться статьей
• Поделиться через фейсбук
• Поделиться в Twitter

Статьи по теме

Let’s Create: кормушки для птиц (проект) ›

Птицы Бруклина: Зимний крапивник ›

Межпопуляционное исследование выявляет гены, связанные с размером тела и цветом оперения у уток.

Выборка

Дикие, домашние и элитные породы уток были собраны для определения областей генома, которые, вероятно, были мишенями в периоды приручения и одомашнивания. улучшение.Что касается диких уток, то кряквы ( Anas platyrhynchos ) были получены с фермы Aoji Duck Farm, провинция Чжэцзян (Институт крякв Фэнхуа, имеется лицензия на охоту), и мы выбрали 40 особей (3 самца и 37 самок) для повторного секвенирования. Мы отобрали 12 местных пород, широко распространенных в Южном Китае (дополнительная таблица 1). Для повторного секвенирования были отобраны три особи (включая двух самок) каждой аборигенной породы. Тридцать пекинских уток (15 самцов и 15 самок) были получены из трех независимых популяций в Beijing Golden Star Duck Co., ООО Полное описание внешнего вида, характеристик и распределения образцов пород в этом исследовании представлено в дополнительной таблице 1 и дополнительном рисунке 1. Для всех образцов кровь была взята из вен крыльев и быстро заморожена до -20 ° C. Затем общая геномная ДНК экстрагировалась с использованием традиционного протокола фенол-хлороформ. Мы создали популяцию уток F ₂ начиная с 2014 г. на утиной ферме Института зоотехники Китайской академии сельскохозяйственных наук (дополнительный рис.2 и дополнительное примечание 1). Мы провели опыт убоя более 1000 уток в тот же день и измерили ряд признаков, включая внешний вид, тушу, биохимические показатели крови и качество мяса. Кроме того, кровь всех уток F ₀ , F ₁ и F ₂ была взята для выделения ДНК и биохимических исследований крови. Из тканей брали образцы для экстракции РНК или белка и использовали в анализах транскриптома и протеома. Все эксперименты с утками проводились под контролем этических норм Института зоотехники Китайской академии сельскохозяйственных наук, Пекин, Китай.

Сборка и аннотация хромосомы

Мы начали сборку хромосом с использованием эталона BGI duck 1.0 (GCA_000355885.1) на основе карты RH ¹⁰ с ALLMAP ³¹ . Каркасы без информации об аннотации генов или размером <1 т.п.н. были отброшены в процессе сборки. Первоначально мы собрали хромосому W в соответствии с порядком каркаса из исследования эволюции половых хромосом птиц ³² . Кроме того, мы снова скорректировали ссылку на статистику варианта числа копий (CNV), полученную из данных повторного секвенирования популяции, поскольку половина глубины считывания последовательности W-хромосомы была получена от женщин.Тем не менее, ряд коротких каркасов, содержащих более 1000 генов, нельзя отнести к хромосомам. Мы объединили эти неназначенные каркасы как хромосому U (неразмещенную) для последующего анализа. В конечном итоге, окончательная сборка с 31 хромосомой, включая 29 аутосом и хромосомы Z и W, была успешно построена (дополнительная таблица 2). Сборка генома была аннотирована на основе NCBI Annotation Release 100. Преобразование координат из каркасов в хромосомы было достигнуто с помощью программного обеспечения LiftOver ³³ . В конечном итоге в геноме хромосомного уровня было аннотировано 15 912 генов, кодирующих белок (дополнительная таблица 2).

Пересеквенирование всего генома

Всего 106 образцов ДНК, состоящих из 40 крякв, 36 местных пород и 30 уток пекинской породы, были отобраны из популяций уток, описанных в дополнительной таблице 1. Кроме того, 1026 особей были отобраны из F ₂ сегрегация населения. Качество и количество ДНК исследовали с помощью устройства NanoDrop и электрофореза в агарозном геле.После исследований были созданы библиотеки с парными концами для каждого подходящего образца с использованием стандартных процедур. Средний размер вставки составлял 500 пар оснований, а средняя длина считывания составляла 150 пар оснований. Все библиотеки секвенировали на платформе Illumina ^® HiSeq X Ten или HiSeq 4000 до среднего охвата необработанной последовательности чтения × 10 и × 5 для естественных популяций и 1026 животных F ₂ соответственно. Глубина обеспечивала точность определения вариантов и генотипирования и отвечала требованиям генетического анализа популяций.

Обнаружение вариантов и генотипирование

Необработанные считывания с парными концами длиной 150 пар оснований были сопоставлены с эталонным геномом с выравниванием Барроуза – Уиллера (BWA aln) ³⁴ с использованием параметров по умолчанию. В среднем было сопоставлено 85% считываний, что привело к окончательному среднему охвату секвенированием × 10 (в диапазоне от × 7,5 до × 18,7) на человека. Парные считывания, которые были сопоставлены с точно такой же позицией в эталонном геноме, были удалены с помощью MarkDuplicates в Picard ³⁵ , чтобы избежать какого-либо влияния на обнаружение вариантов.Мы дополнительно выполнили локальное выравнивание с использованием GATK ³⁶ для усиления выравнивания в областях полиморфизма indel. После сопоставления вызов SNP выполнялся исключительно с использованием GATK ³⁶ (версия 3.5), а выходные данные дополнительно фильтровались с помощью VCFtools ³⁷ (версия 0.1.15). Были исключены SNP, которые не соответствовали следующим критериям: (1) 3 × <средняя глубина секвенирования (по всем включенным индивидуумам) <30 ×; (2) частота минорного аллеля> 0,05 и максимальная частота аллеля <0. 99; (3) максимальная частота пропуска <0,1; и (4) только два аллеля (дополнительные данные 1). Идентифицированные SNP были дополнительно классифицированы по SnpEff ³⁸ на основе аннотации гена эталонного генома. Процесс вызова indel был таким же, как описан для SNP. Мы строго отфильтровали индели по длине, а индели размером ≤6 п.н. были зарезервированы. Распределение SNP и инделей у крякв, уток коренных пород и уток по-пекински показано в дополнительной таблице 3.

Реконструкция предкового состояния

Предковое состояние SNP важно для анализа популяции и отбора ³⁹ .Мы секвенировали московскую утку ( Cairina moschata ) с глубиной секвенирования приблизительно × 10, чтобы получить точное наследственное состояние SNP у утки. Кроме того, мы загрузили данные повторного секвенирования для 15 образцов гусей (SRP017498) ⁴⁰ из NCBI. Во-первых, мы выровняли короткие чтения 16 повторно секвенированных особей с геномом утки, используя BWA ³⁴ (bwa mem -t 8 -M -R). Затем мы использовали собственные сценарии для подсчета операций чтения, которые поддерживали референсный аллель, альтернативный аллель и другие аллели.В этом процессе оценки чтения и базовые оценки должны были быть больше 30. Наконец, мы выбрали SNP, которые имели идентичные состояния среди 16 человек, в качестве окончательного набора предковых состояний (Дополнительные данные 2).

Анализ основных компонентов

PCA был выполнен на основе всех SNP с использованием программного обеспечения EIGENSOFT (версия 4.2) ^41,42 . Этот пакет применяет PCA к генетическим данным для анализа структуры популяции. Кряквы, утки аборигенных пород и пекинские утки были четко разделены на три группы по первому основному компоненту.Затем были построены графики с использованием первого и второго основных компонентов с пакетами R.

Филогенетический анализ

PLINK ⁴³ использовался для обрезки пар в скользящем окне с 50 маркерами с шагом 5 маркеров для уменьшения избыточности SNP, вызванной неравновесием по сцеплению (LD) с использованием SNPhylo ⁴⁴ , и было извлечено 10240 репрезентативных SNP . Филогенетическое дерево ML было построено конвейером SNPhylo со стандартными настройками и 1000 репликами начальной загрузки.

Структурный анализ

Мы оценили происхождение каждого индивидуума, используя набор данных несвязанных SNP по всему геному и программу ADMIXTURE 1, основанную на моделях.3 ⁴⁵ для количественной оценки полногеномной примеси между популяциями кряквы, аборигенной породы и уток по-пекински. ADMIXTURE был запущен для каждого возможного номера группы ( K = от 2 до 6) с 200 повторениями начальной загрузки, чтобы оценить стандартные ошибки параметра, используемые для определения оптимального номера группы ( K ) (дополнительный рисунок 6).

Вывод демографической истории с использованием fastsimcoal и ∂a∂i

Мы использовали fastsimcoal2 ⁴⁶ и диффузионное приближение для демографического вывода (∂a∂i) ⁴⁷ , чтобы вывести недавнюю демографическую историю популяций уток.Мы выбрали только SNP, расположенные в межгенных областях, чтобы избежать влияния SNP при отборе, а также использовали метод свернутого спектра для предотвращения смещений при определении производных аллельных состояний. Сравнение частотных спектров аллелей между модельными и реальными данными для трех популяций уток представлено на дополнительном рис. 3. В ходе последующих симуляций было идентифицировано в общей сложности 4 466 424 записи в наблюдаемом частотном спектре совместного участка (SFS). Результаты моделирования модели показаны в дополнительном примечании 2, дополнительном рис.4 и дополнительная таблица 5.

Тест ABBA-BABA (D-статистика)

Мы рассчитали D-статистику ⁴⁸ , чтобы проверить, имеют ли пекинские утки больше аллелей с кряквами или с местными породами, используя AdmixTools ⁴⁹ . Для филогении (O, ((P1, P2), P3)) не было потока генов между внешней группой и тремя другими популяциями, и, следовательно, паттерн ABBA отражал поток генов между P1 и P2, тогда как паттерн BABA отраженный поток генов между P2 и P3.n \ left ({C _ {\ rm {BABA}} \ left (i \ right) + C _ {\ rm {ABBA}} \ left (i \ right)} \ right)}} $$

Положительное значение D интерпретируется как поток генов между P1 и P3, тогда как отрицательное значение D интерпретируется как поток генов между P2 и P3. В нашем исследовании для определения потока генов между пекинскими утками и коренными породами, особенно утками гаою, мы использовали московских уток ( Cairina moschata ) в качестве внешней группы, а пекинских уток, уток гаою и других местных пород в качестве P1, P2, и группы P3 соответственно.Для всех сравнений см. Дополнительную таблицу 6.

Сканирование генома для дивергентных областей

Мы обнаружили CDR путем поиска в геноме областей с высоким индексом фиксации ( F _ST ) значениями ⁵⁰ и высокими различиями в генетическом разнообразии (Отношение π ln). Во-первых, мы рассчитали соотношение F _ST и π ln в скользящих окнах размером 40 кб с шагом 10 кб по аутосомам, используя инструменты VCFtools ³⁷ и собственные скрипты для сравнения крякв с местными породами и между ними. аборигенные породы и пекинские утки.Затем мы отфильтровали все окна, которые имели менее 40 SNP в результатах F _ST . Мы ограничили наши описания CDR окнами с уровнем значимости P <0,005 (Z-тест) в обоих соотношениях F _ST и π ln, так как эти окна представляли крайние концы распределений (дополнительный рис. 7, дополнительная таблица 7). Мы избежали фрагментации CDR, выполняя ручные проверки и комбинируя CDR, которые были разделены расстоянием <200 kb.Наконец, мы идентифицировали 123 и 64 CDR между кряквами и аборигенными породами, а также между аборигенными породами и пекинскими утками, несущими 533 и 341 ген, соответственно. Эти CDR составляли ~ 3,0 и 1,5% собранного генома для стадий приручения и улучшения, соответственно (дополнительные таблицы 8 и 9; см. Дополнительную информацию в дополнительном примечании 3). Мы просканировали аутосомные участки, содержащие вариации стояния (частота аллелей <0,5) у крякв, но почти фиксированные (частота аллелей> 0,95) вариации у местных пород, и идентифицировали 2690 участков с использованием этого метода.Таким образом, 1407 сайтов содержали связанные с одомашниванием CDR, и 45 из этих CDR содержали по меньшей мере пять почти фиксированных постоянных вариаций (дополнительная таблица 8). Две верхние заметные CDR содержали 178 и 139 сайтов, соответственно, и несли PLA2G4A и PTGS2 в пути «стероидогенеза яичников» (рис. 1e и дополнительные таблицы 8 и 10) и MC4R в «нейроактивном лиганде». рецепторное взаимодействие »(рис. 1f и дополнительные таблицы 8 и 10).

Полногеномное исследование ассоциации

Чтобы свести к минимуму ложноположительные результаты и повысить статистическую мощность, мы рассмотрели популяционную структуру и загадочные отношения.Программа смешанных линейных моделей, TASSEL ⁵¹ , использовалась для анализа ассоциации. Для популяции F ₂ пол, среда кормления и прямое / обратное скрещивание были установлены как фиксированные эффекты в смешанной модели. Родство, полученное из полногеномных SNP индивидов F ₂ , было установлено как случайный эффект для контроля семейных эффектов. Мы определили порог значимости для всего генома как порог теста Бонферрони, а порог популяции F ₂ как 0,01 / общее количество SNP (−log ₁₀ P = 8. 99).

Для ассоциации окраски оперения у диких крякв, местных пород и уток пекинской породы первые три значения PCA (собственные векторы), полученные из полногеномных SNP, представляют фиксированный эффект в смешанной модели для корректировки стратификации ⁴¹ . Порог составлял 0,01 / общее количество SNP (−log ₁₀ P = 10,10).

Анализ сцепления

Большой набор данных SNP из популяции F ₂ был преобразован в бинарную карту с использованием программы картирования высокой плотности (собственной).Связь между группой сцепления и генетическим расстоянием определяли с помощью программного обеспечения MSTMap ⁵² , для кластеризации использовали алгоритм ML, а генетическое расстояние рассчитывали с помощью модели Косамби ⁵³ . QTL-анализ был выполнен с помощью пакета R / qtl ⁵⁴ , и для картирования QTL был принят метод анализа составного интервального картирования (CIM). Для порогового скрининга LOD из 500 тестов перестановки уровень значимости составлял 0,01, а интервал значимости был протестирован с помощью байесовской вероятности (0. 99 доверительный уровень).

Эксперимент Hi-C и секвенирование

Ткани печени самцов уток Пекина были сшиты в 20 мл свежего ледяного буфера для ядерной изоляции и 1 мл ~ 36% раствора формальдегида в вакууме в течение 40 минут при комнатной температуре. Эту реакцию гасили добавлением 1 мл 2 М глицина при вакуумной фильтрации в течение дополнительных 5 мин. Чистые образцы растирались в порошок в жидком азоте. Процедура экстракции хроматина была аналогична той, что использовалась в эксперименте по перевариванию ДНКазой I.Процедуры были аналогичны описанным ранее ⁵⁵ . Вкратце, хроматин расщепляли в течение 16 часов 200 ед. (4 мкл) рестрикционного фермента MboI при 37 ° C. Концы ДНК метили биотином и инкубировали при 37 ° C в течение 45 мин, а фермент инактивировали 20% раствором SDS. Лигирование ДНК проводили путем добавления ДНК-лигазы Т4 и инкубации при 4 ° C в течение 1 часа, а затем при 22 ° C в течение 4 часов. После лигирования образцы инкубировали с протеиназой K при 65 ° C в течение ночи, чтобы обратить поперечное сшивание. Фрагменты ДНК очищали и растворяли в 86 мкл воды. Затем были удалены несвязанные концы. Очищенную ДНК фрагментировали до размера 300–500 п.н., а затем репарировали концы ДНК. Фрагменты ДНК, меченные биотином, наконец, разделяли с помощью гранул стрептавидина С1. Библиотеки были созданы с помощью набора для подготовки образцов ДНК Illumina TruSeq в соответствии с инструкциями производителя. Клонирование ТА было выполнено для проверки качества библиотеки Hi-C. Библиотеки Hi-C секвенировали на системе Illumina HiSeq X Ten.Hi-C проводился в двух независимых экспериментах. Эксперимент Hi-C и процедуры секвенирования были выполнены Annoroad Gene Technology Co., Ltd., Пекин, Китай.

Анализ данных Hi-C

Необработанные данные Hi-C были обработаны для фильтрации низкокачественных считываний и адаптеров подстройки с помощью Trimmomatic ⁵⁶ . Все чтения были обрезаны до 50 п.н., и чистые чтения были сопоставлены с геномом утки с двухэтапным подходом, встроенным в программное обеспечение HiC-Pro ⁵⁷ . Чтения с низким качеством отображения, чтения с множественным отображением и синглтоны были отброшены.Затем считывания уникальных отображений сохранялись в одном файле. Пары считывания, которые не отображались близко к сайту рестрикции или находились за пределами ожидаемого размера фрагмента после сдвига, были отфильтрованы. Последующие анализы фильтрации были выполнены, чтобы отбросить считанные пары из недействительных продуктов лигирования, включая продукты с «болтающимся концом» и продукты самолигирования, и из артефактов ПЦР. Оставшиеся допустимые пары считывания были разделены на внутрихромосомные пары и межхромосомные пары. Контактные карты были построены с хромосомными ячейками равного размера для 5 т.п.н., 10 т.п.н., 20 т.п.н., 100 т.п.н., 200 т.п.н. и 500 т.п.н.Затем необработанные карты контактов были нормализованы с помощью разреженной реализации метода итеративной коррекции в HiC-Pro ⁵⁸ и визуализированы с помощью HiTC ⁵⁹ . Наконец, топологически связанные домены (TAD) -подобные и граничные области были идентифицированы методом TopDom с разрешением 40 kb ⁶⁰ .

Обнаружение структурных вариаций

Мы обнаружили вставку размером ~ 6,6 т.п.н. в гене MITF , который, как мы предложили, является причинным геном белого оперения у уток Пекина.Мы секвенировали продукт ПЦР от кряквы, используя технологию секвенирования по Сэнгеру, чтобы дополнительно исправить последовательность пробелов. Затем мы оценили генотипы этой структурной изменчивости у крякв, уток по-пекински и особей F ₂ из сегрегационной популяции с использованием собственных сценариев. На входе был файл BAM, созданный путем сопоставления считываний с исправленной последовательностью генома. Количество высококачественных считываний (-) и искаженных считываний (+), фланкирующих структурную вариацию, было записано в выходной файл для каждого образца.В дополнение к биоинформатическому анализу мы дополнительно исследовали генотипы с помощью ПЦР. Мы разработали праймеры с использованием фланкирующей последовательности вставки (см. Дополнительную таблицу 14 для последовательности праймеров). Учитывая, что обычная смесь для ПЦР ограничена в способности амплифицировать фрагменты длиной более 2000 п.н., для этого эксперимента был выбран KOD FX Neo (TOYOBO, код № KFX-201), разработанный для длинных фрагментов. Система реакции была настроена, и процедура была проведена в соответствии с инструкциями, предоставленными компанией TOYOBO.После 36 циклов электрофорез в агарозе использовали для определения длины продуктов ПЦР (дополнительный рисунок 9). Мы провели опыты на 100 кряквах и 100 утках по-пекински. Кроме того, мы провели тот же эксперимент, что и описанный выше, на 50 гибридах F ₁ и 200 особях F ₂ с зарегистрированной окраской перьев. Кроме того, мы извлекли продукты ПЦР у крякв и уток-пекинцев и выполнили секвенирование по Сэнгеру, чтобы подтвердить, являются ли они точными целевыми последовательностями.Вся последовательность MITF у пекинских уток была представлена ​​в NCBI (KY114890).

Анализ событий рекомбинации конца хромосомы 28

Мы создали популяцию F ₂ из 1026 особей от скрещивания крякв и уток по-пекински. Затем мы осуществили генотипирование в конце хромосомы 28 для 1026 человек F ₂ с помощью набора инструментов анализа генома (GATK) ³⁶ . Напротив, согласно предыдущим результатам генотипирования уток кряквы и пекинских уток, мы получили 243 SNP с абсолютной разностью частот аллелей (ΔAF) более 0.6 между кряквами и пекинскими утками. Мы идентифицировали три рекомбинантных контрольных точки по 243 SNP, а затем классифицировали F ₂ индивидуумов, используя три рекомбинантные контрольные точки. После окончательной ручной проверки мы классифицировали особей F ₂ на десять гаплотипов (рис. 3g, дополнительный рис. 12). Кроме того, мы измерили фенотипы особей F ₂ (вес головы, вес крыла, вес сердца, вес печени, вес желудка, вес ноги, длина предплюсны, ширина груди, вес тела и эффективность кормления).Особей F ₂ кормили в трех разных местах. Более того, поскольку пол может влиять на фенотипы, мы выполнили процедуру корректировки с использованием общей линейной модели (GLM) в R с местом и полом в качестве факторов. Кроме того, поскольку все особи F ₂ , использованные для измерения коэффициента конверсии корма, кормились на одном участке, пол был единственным фактором в процедуре корректировки.

Секвенирование и анализ транскриптома

Было собрано множество тканей (кожа, мышцы, сердце, печень, легкие, почки, селезенка, мозг и хрящи) в разном возрасте.Тотальную РНК выделяли с помощью реагента TRIzol (Takara), а затем очищали для создания библиотеки RNA-seq. В итоге для эксперимента RNA-seq была создана 41 библиотека и секвенирована на машине Illumina HiSeq 4000 с использованием модуля секвенирования парных концов 150 пар оснований. Средний объем выходных данных составил 6 ГБ на библиотеку. За исключением 41 библиотеки, созданной в этом исследовании, мы загружаем данные последовательности РНК для шести уток с абдоминальным ожирением ⁶¹ из NCBI. Считывания парных концов РНК-seq из каждой из 47 библиотек были сопоставлены с вышеупомянутым эталонным геномом утки Пекина с использованием TopHat ⁶² . Впоследствии значения числа считываний на миллион (CPM) для генов были получены путем запуска htseq-count ⁶³ , а значения количества фрагментов на килобазу на миллион были рассчитаны с помощью TopHat (Дополнительные данные 3, Дополнительные примечания 4–6).

Количественный анализ ПЦР

Мы провели количественную ПЦР в основном для двух генов: MITF и IGF2BP1 . Праймеры были разработаны с помощью программного обеспечения Primer Premier. Последовательности праймеров и температуры отжига показаны в дополнительной таблице 14.Кожные ткани трех уток-пекинцев и трех крякв использовали для анализа экспрессии трех экзонных соединений MITF : (1) экзон 1B и экзон 2; (2) экзон 1 M и экзон 2; и (3) экзон 8 и экзон 9. Комплементарный синтез ДНК из общей РНК и двухэтапная количественная ПЦР были выполнены с использованием системы Applied Biosystems QuantStudio. Все образцы были проанализированы как минимум в трех технических повторностях. Собранные данные были проанализированы с использованием метода 2 ^{–ΔΔCt 64} , и все результаты были нормализованы для гена β-актина утки . Для IGF2BP1 утки с разными типами рекомбинации были отобраны для измерения уровня экспрессии IGF2BP1 . КПЦР выполняли в соответствии с методом, описанным выше, и последовательности праймеров и температуры отжига показаны в дополнительной таблице 14. Если типы рекомбинации имели более 20 образцов, мы случайным образом выбрали 20 человек для проведения эксперимента количественной ПЦР.

Иммуногистохимия

Ткани печени, вырезанные у каждого животного, немедленно фиксировали 4% параформальдегидом (PFA) в фосфатно-солевом буфере (PBS, pH 7.4) в течение 48 ч при комнатной температуре. Образцы обезвоживали в возрастающей серии из 10, 20 и 30% сахарозы в течение ночи при 4 ° C и затем заливали в Tissue-Tek O.C.T. соединение (Sakura Finetek, Торранс, Калифорния, США). Затем ткани печени были последовательно разрезаны на поперечные срезы толщиной 5 мкм с использованием криостата (Leica CM1950, Solms, Германия), высушены на воздухе и сохранены при -20 ° C. После промывания в PBS замороженные срезы ткани подвергали поиску антигена с помощью 1 н. Соляной кислоты (HCl). Затем срезы промывали трижды PBS по 5 мин каждый, блокировали 5% нормальной козьей сывороткой (NGS) с помощью 0.3% Triton X-100 в PBS в течение 1 ч при комнатной температуре и инкубировали в течение ночи во влажной камере при 4 ° C с первичными поликлональными антителами кролика против IGF2BP1 (1: 300, Abcam, Кембридж, Великобритания, каталог # ab82968). Контрольные срезы обрабатывали NGS вместо специфического первичного антитела. После трехкратной промывки PBS срезы окрашивали конъюгированным с Alexa Fluor® 488 козьим вторичным антителом против кроличьего иммуноглобулина G (IgG) (H + L) (1: 200, Abcam, Каталожный номер ab150077) в течение 1 часа при при комнатной температуре, еще трижды промыли PBS, а затем окрашивали 4 ‘, 6’-диамидино-2-фенилиндолом (DAPI, Sigma-Aldrich, St.Луис, Миссури, США) в течение 10 мин при комнатной температуре. После промывки в PBS и закрепления на среде для фиксации флуоресценции (Sigma-Aldrich, Сент-Луис, Миссури, США) окрашенные срезы анализировали с помощью лазерного сканирующего конфокального микроскопа Zeiss (LSM710, Carl Zeiss, Йена, Германия).

No related posts.